類似配列検索のための配列アラインメントアルゴリズムの高速化(セッション1C : アルゴリズム)(夏のデータベースワークショップ : DBWS2004)
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概要
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配列アラインメントは,遺伝子やタンパク質の配列データベースから類似配列を検索するために用いられる,生命情報科学の分野において最も重要な技術の1つである.動的計画法に基づいた配列アラインメントの手法は広く使われている.もし今より高速なアルゴリズムが登場すれば,生命情報科学の可能性は広がると考えられる.我々は動的計画法に基づいた配列アラインメントの新しいアルゴリズムを提案する.実験では,我々のアルゴリズムの性能は,後藤のアルゴリズムやMyersとMillerのアルゴリズムの性能を上回った.これらは,動的計画法に基づいたグローバルアラインメントのアルゴリズムとして最も有名なアルゴリズムである.またローカルアラインメントについても,有意義な結果が得られた.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2004-07-06
著者
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