鎖片割り当てドメイン分割法を用いた直鎖分子の並列分子動力学法シミュレーション
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概要
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分子動力学法を用いて直鎖分子のシミュレーションを行なうためには、単原子分子で用いるようなN体間相互作用の計算と, 直鎖に沿った相互作用の計算の両方を効率良く行なう必要がある.これまで行なわれた直鎖分子の並列シミュレーションでは主に, シミュレーション空間を分割してプロセッサ要素に割り当てるドメイン分割法が用いられてきた.しかし, 直鎖分子のドメイン分割法では連続するモノマーを検索する必要があり, このモノマー検索時間が全体の処理時間を増加させる.本稿ではドメイン分割法において, 連続するモノマーの検索コストを削減するために鎖片割り当てドメイン分割法を提案し、並列計算機T3E上に実装してその並列処理性能を詳細に検討する.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1998-05-15
著者
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