領域分割を用いた短距離並列分子動力学法シミュレーションにおける最適分割法予測(HPC応用)
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概要
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本稿では,分子動力学法シミュレーションの並列化手法である領域分割法の最適な分割法を議論する.分子動力学法シミュレーションの並列化に適した計算法の1つは,シミュレーションを行う空間を小さく分割し,プロセッサ要素に割り当てる領域分割法である.領域分割法では,サイクリック分割やブロック分割など,シミュレーション空間の様々な分割法がある.しかしながら,最適な分割法を予測する手法はまだ明らかになっていない.使用するプロモッサ数,シミュレーションを行う空間のサイズ,並列計算機の通信性能および処理性能によって,最適な分割法は異なる.そこで本稿では,メッセージ通信型並列計算機上での領域分分割の実行時間を理論的に評価した.そして通信時間の理論予測に基づき,最適な分割法の予測を行った.そして,通信時間の実測値から得られる最適な分割法と比較した.その結果,簡単な試験実行から得られる性能パラメータを利用して,最適な分割法を予測できることが分かった.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2005-01-15
著者
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