直鎖高分子の並列分子動力学法シミュレーション

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概要

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分子動力学法を用いて直鎖高分子のシミュレーションを行なうためには、単原子分子で用いるようなN体間相互作用の計算と、直鎖に沿った相互作用の計算の両方を効率良く行なう必要がある。本研究では、直鎖に沿った相互作用に適する分子均等分割法とN体間相互作用の計算に適するドメイン分割法について議論する。分子均等分割法とドメイン分割法を超並列計算機CM-5上に実装し、並列シミュレーションの処理性能について検討した。N本間相互作用はO(N^2)であるため、ドメイン分割法の方が分子均等法よりも分子数の増加に対して計算時間の増加を小さくすることができた。しかしこの並列化手法は、直鎖に沿った相互作用の計算時間が増加し、N体間相互作用と同程度の計算時間が必要になる。そのため、非常に長い直鎖高分子を扱う場合は、直鎖に沿った相互作用の計算手法を検討する必要がある。
一般社団法人情報処理学会の論文
1997-05-09

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