32. AtGenExpressの紹介
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概要
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At GenExpress is a multinational project to collect and distribute a transcriptome-data set of a multicellular-model organism, Arabidopsis thalinana. In the spring of 2003, the AtGenExpress consorcium has establised and agreed to generate a freely available transcriptome resource, using a hightly standerlized platform Affymetrix GeneChip, ATH1, which covers most Arabidopsis genes in the genome (about 23,000 probe sets corresponding to about 25,000 genes). It consists of Max Planck Institute from Gemany, Nottingham Arabidopsis Stock Center (NASC) and the Genomic Arabidopsis Resource Network (GARNet) from UK, The Arabidopsis Information Resource (TAIR) from U.S.A., RIKEN Plant Science Center from Japan, and etc. The consorcium collected data of developmental series, organ specificity series, light response series, stress response series, pathogen response series, hormone response series, nutrition response series, and etc. The data consists of >1,000 GeneChips (hybridizations). More than 20,000 genes were detected to be expressed significantly in any tissues or growth condisions. This is one of the largest number of gene expression reported in an organism. All collected data are integrated, displayed, distributed for public access at TAIR, http://www.arabidopsis.org. RIKEN-data set is also available at http://pfg.psc.riken.jp/AtGenExpress/index.html. Voluntary data submission from individual researchers is also accepted by TAIR. Starting form the core data set, the repsitory will expand by additonal data from the entire Arabidpisis community. The resource will be useful not only for plant basic scieces but also for plant applied siences as well as for other basic siences, such as bioinformatics and systems biology.
- 植物化学調節学会の論文
- 2004-10-13
著者
-
藤岡 昭三
理研
-
藤岡 昭三
理研・植物機能
-
嶋田 幸久
理研・植物科学研究センター
-
吉田 茂男
理研・PSC
-
郷田 秀樹
理研・PSC
-
藤岡 昭三
理研・基幹研
-
吉田 茂男
理研・植物機能
-
嶋田 幸久
理研・PSC
-
浅見 忠男
理研・植物機能
-
吉田 茂男
理研・植物センター
-
郷田 秀樹
理研・植物センター
-
郷田 秀樹
理化学研究所 植物科学研究センター
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