タンパク質立体構造形成における溶媒効果
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
We have developed a new methodology for predicting tertiary structure of protein in solvent from the first principles, which combines the RISM theory for incorporating the solvent effects and a powerful method for sampling the structure space of protein. Roles of water in stabilizing protein structure and alcohol effects have been analyzed, and subjects to be treated in further studies have been discussed.
- 日本生物物理学会の論文
- 2000-11-25
著者
-
岡本 祐幸
名古屋大学大学院理学研究科
-
木下 正弘
京都大学 エネルギー理工学研究所
-
平田 文男
分子科学研
-
岡本 祐幸
分子科学研究所理論研究系
-
木下 正弘
京都大学エネルギー理工学研究所
-
Hirata Fumio
Institute For Moleculear Science
関連論文
- 23aPS-117 蛋白質低温変性の統計熱力学理論(23aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 22pEC-9 F_1-ATPaseの回転のメカニズムに関するの考察 : 水のエントロピーの重要性(22pEC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 23aED-6 タンパク質系のシミュレーションに用いる主鎖二面角エネルギー項の改良(23aED 電子状態・化学反応・分子構造,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 25pQE-4 アラニンベースペプチドのヘリックス-コイル転移に及ぼす圧力効果 : 統計力学理論解析(溶液・液体・相転移,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
- 23pYD-12 タンパク質低温変性の分子機構(生物物理,領域12,ソフトマター物理,科学物理,生物物理)
- 固体表面近傍における液体の構造
- 水の物性に見る量子化学的および古典統計的自由度の結合
- 遺伝的交叉を用いた並列SAによるタンパク質立体構造のエネルギー最小化(並列処理アルゴリズムと評価)
- 127 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリングによるタンパク質立体構造予測
- 29pVC-1 はじめに(29pVC 領域12,領域9合同シンポジウム:結晶成長とアミロイド病の物理学,領域9(表面・界面,結晶成長))
- 29pVC-1 はじめに(29pVC 領域12,領域9合同シンポジウム:結晶成長とアミロイド病の物理学,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 21pRK-10 マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学法によるアラニンジペプチドの力場依存性(生物物理,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
- 19aTC-3 マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学法によるアラニンジペプチドの温度・圧力依存性(生物物理,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
- 生体系における大規模分子シミュレーション(地球シミュレータ(続))
- 拡張アンサンブル法による膜タンパク質の立体構造予測 (特集 予測と発見)
- マルチバーリック・マルチサーマルアンサンブルにおけるレナード・ジョーンズ流体のシミュレーション(2004年度後期基礎物理学研究所研究会「モンテカルロ法の新展開3」,研究会報告)
- 2P063 拡張定温定圧アンサンブルにおけるペプチドの分子動力学シミュレーション(蛋白質 C) 物性(安定性、折れたたみなど)))
- 21pXG-11 ペプチドのマルチバーリック・マルチサーマル分子動力学シミュレーション(生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- PDBデータベースを用いたタンパク質力場パラメータの最適化
- 水と生体分子が織りなす生命現象(3)タンパク質のフォールディングシミュレーションから立体構造予測問題に迫る
- 2P057 レプリカ交換法を用いたX線1分子計測法によるたんぱく質の構造解析のシミュレーション(蛋白質 A) 構造)
- 1P116 拡張アンサンブルシミュレーションによる膜タンパク質立体構造の自己形成(膜蛋白質)
- 28aWE-6 マルチバーリックマルチサーマル法による液体のシミュレーション(化学物理理論)(領域12)
- レプリカ交換法による膜タンパク質の立体構造予測(ソフトマターの物理学2003-普遍性と多様性-,研究会報告)
- 蛋白質折り畳みの計算機シミュレーション(数学者のための分子生物学入門,研究会報告)
- レプリカ交換法による膜タンパク質の立体構造予測
- PDBデータベースによるタンパク質系の力場パラメータの最適化
- 21aZA-12 マルチバーリックマルチサーマルモンテカルロ法による気液相転移の理論的研究
- 生体高分子表面積の高速計算アルゴリズム
- 7p-YL-11 拡張アンサンブル法による蛋白質分子のモンテカルロシミュレーション
- 1Q39 拡張アンサンブル法によるタンパク質分子の熱力学量の解析
- 第一原理からの蛋白質立体構造予測へ向けて
- 超並列クラスタにおける3D-RISMへのVolumetric並列三次元FFTの適用と性能評価
- 3P063プロテインGのモデル溶媒中での拡張アンサンブルシミュレーション
- 1P44 生体内電子移動反応における溶媒効果
- 1J1615 RISM理論による溶媒効果を含むMet-enkephalinのレプリカ交換シミュレーション(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
- 拡張アンサンブル法によるタンパク質の折り畳みシミュレーション
- 27pZC-10 Potts模型系の拡張アンサンブルシミュレーション
- 1C1100 RISM理論を用いたMet-enkephalinのマルチカノニカルシミュレーション
- 超並列クラスタにおける3D-RISMへの Volumetric 並列三次元FFTの適用と性能評価
- 溶質近傍におけるハイパーモバイル水に関する理論解析
- 30aPS-129 低温における疎水性と蛋白質の低温変性(30aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 21pWB-13 エントロピー駆動の自己組織化過程に及ぼす圧力効果(21pWB 溶液・液体,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 生命現象発現における水分子の並進運動の役割
- 23pRJ-14 二成分剛体球流体中に浸された2つの大剛体球 : 中剛体球の選択的捕獲(溶液・液体,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
- 1P093 A Theoretical Analysis on the Free Energy Changes Associated with Protein Folding(3. Protein folding and misfolding (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
- 24aRC-9 生命現象発現における水分子の並進運動の重要性(24aRC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 生命現象発現における水の並進エントロピーの重要性
- 28pRH-7 静電ポテンシャルの非線形ゆらぎと水和構造(28pRH 分子シミュレーション・溶液・液体,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 溶媒分子の並進運動由来の巨大分子間引力相互作用と熱測定
- 3P039 細胞内における混み合い問題のOZ-HNC理論による見直し(蛋白質 C) 物性(安定性、折れたたみなど)))
- 2P094 タンパク質安定性の熱力学における水分子の並進運動の役割 : 熱変性と圧力変性の物理(蛋白質 C) 物性(安定性、折れたたみなど)))
- 1P069 エントロピー駆動の生体高分子凝集と溶媒和構造の関係(蛋白質 C) 物生(安定性、折れたたみなど)))
- 19pXG-10 多成分溶液内での巨大生体分子間相互作用 : 3次元OZ-HNC理論に基づく計算(溶液・液体,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 25aYW-3 小剛体球-中剛体球混合系中の大剛体球間相互作用の中剛体球濃度依存性 : 3次元OZ-HNC方程式を用いた計算と解釈(化学物理(溶液・液体),領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 24pTG-8 F_1ATPaseの回転のメカニズムにおける水のエントロピーの重要性(24pTG 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 1P186 1YA1115 F1-ATPaseの回転のメカニズムにおける水のエントロピーの重要性(分子モーター,日本生物物理学会若手奨励賞選考会,若手招待講演,第48回日本生物物理学会年会)
- 3P079 タンパク質の折れ畳みに伴う水の並進エントロピーの増加(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)
- 1SB52 蛋白質フォールディングの強力なドライビングフォース(蛋白質と水の生物物理学)
- エントロピー駆動の秩序構造形成に関する統計力学的解析
- 水中およびアルコール中におけるペプチドの立体構造解析
- タンパク質立体構造形成における溶媒効果
- Salt Effect on Stability and Solvation Structure of Peptide: An Integral Equation Study
- 22aZC-8 水和構造と電子移動反応
- 金属-電解質水溶液界面構造の理論解析
- 28p-XC-5 表面近傍での溶液構造と揺らぎ
- 25p-S-10 RISM積分方程式理論による部分モル体積の計算と圧力効果への応用
- 25p-S-4 電極-溶液界面の分子論的描像-4
- 30a-YY-8 電極-溶液界面の分子論的描像-3
- 溶媒中における超長距離性の微粒子間引力相互作用
- 5p-YL-17 電極-溶液界面の分子論的描像-2 : イオンの影響
- 3P48 蛋白質の立体構造予測 : RISMと徐冷法の結合
- 水と生体分子が織りなす生命現象(4)アミロイド線維形成の原動力:エントロピー的排除容積効果
- 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリングの検討
- 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリングの検討
- 407 遺伝的アルゴリズムの交叉の概念を取り入れた分子動力学法の拡張手法の提案(進化的計算とその応用(2),OS16 進化的計算とその応用)
- B-016 NetSolveを用いたPSA/GAcによるタンパク質立体構造予測(B.ソフトウェア)
- A-021 連続最適化問題におけるシミュレーテッドアニーリングアルゴリズムの解探索性能の比較(A.モデル・アルゴリズム・プログラミング)
- シミュレーテッドアニーリングを用いたタンパク質立体構造エネルギ最小化における温度パラメータの検討(バイオインフォマティック)
- 29pZD-6 拡張アンサンブル法による膜タンパク質のヘリックス配置予測
- 28p-F-12 電極-溶液界面の分子論的描像-1
- 1P-039 3次元RISM理論に基づくT4リゾチーム変異体におけるベンゼン結合部位の理論的同定(蛋白質・構造機能相関(1),第46回日本生物物理学会年会)
- 2P415 Probing for hydrophobic molecules in cavities and clefts of a protein by the 3D-RISM theory(46. Water and bio-molecule,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
- 3SA2-02 分子認識と麻酔に関する統計力学的研究(3SA2 麻酔作用の分子機構 : 生物物理から明らかにされる生体分子と麻酔薬の相互作用,第47回日本生物物理学会年会)
- 化学における液体論の新展開(若手による溶液化学の新展開)
- グリッドコンピューティングが拓くナノサイエンス--計算科学的手法を用いた化学の新しい動き
- 分子認識の統計力学と生体機能
- 拡張アンサンブル法で探る蛋白質の折り畳み機構(拡張アンサンブル,1998年度後期基礎物理学研究所研究会「モンテカルロ法の新展開」,研究会報告)
- 拡張アンサンブル法による蛋白質の折れ畳みシミュレーション(第43回物性若手夏の学校(1998年度),講義ノート)
- モンテカルロシミュレーションによるタンパク質の立体構造予測
- モンテカルロシミュレーションで探るタンパク質の折り畳み機構
- 22pPSA-52 多次元拡張アンサンブル法の相転移がある系への応用(22pPSA 領域11ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))
- 分子認識の統計力学と生体機能
- 1SQ-06 化学的特殊性と物理的一般性を併せ持つ理論による生命現象の探求(1SQ 日本生物物理学会-イスラエル生物物理学会合同シンポジウム"タンパク質動力学-一分子から綱胞まで",日本生物物理学会第49回年会(2011年度))
- タンパク質系分子シミュレーションのための力場関数(最近の研究から)
- 疎水コアとα-ヘリックスを含む小タンパク質のフォールディングシミュレーション
- タンパク質系分子シミュレーションのための力場関数
- 24pAA-8 第一原理シミュレーションにおける拡張アンサンブル法の提案 : 生体系における化学反応の理解に向けて(24pAA 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 19aPSB-9 二次元焼き戻し法のイジングモデルへの応用(19aPSB 領域11ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))
- 29pXZC-5 Simulated Tempering and Magnetizing法のPottsモデルへの応用(29pXZC 古典フラストレート系・古典スピン系一般,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))