タンパク質系分子シミュレーションのための力場関数

スポンサーリンク

概要

• 論文の詳細を見る
• 2012-05-05

著者

• 杉田 有治

  理化学研究所基幹研究所

• 榮 慶丈

  名古屋大学大学院理学研究科

• 岡本 祐幸

  名古屋大学大学院理学研究科

• 杉田 有治

  理研基幹研:jst-crest:bird

• 依田 隆夫

  長浜バイオ大

関連論文

• 23aED-6 タンパク質系のシミュレーションに用いる主鎖二面角エネルギー項の改良(23aED 電子状態・化学反応・分子構造,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 21aEF-12 アミロイドβペプチドの生成に関するシミュレーション研究(21aEF 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 20aEF-12 混合膜における脂質分子の運動と構造(20aEF 液晶,複雑液体,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 22pEC-8 分子動力学シミュレーションでみるタンパク質の高圧構造転移と水の浸入の動的相関(22pEC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• マルチカノニカルレプリカ交換分子動力学法による小蛋白質の折れ畳みシミュレーション (特集 拡張アンサンブル法)
• 1P048 CLE酵素による生分解性プラスチックの分解機構(蛋白質(機能),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 遺伝的交叉を用いた並列SAによるタンパク質立体構造のエネルギー最小化(並列処理アルゴリズムと評価)
• 127 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリングによるタンパク質立体構造予測
• 29pVC-1 はじめに(29pVC 領域12,領域9合同シンポジウム:結晶成長とアミロイド病の物理学,領域9(表面・界面,結晶成長))
• 29pVC-1 はじめに(29pVC 領域12,領域9合同シンポジウム:結晶成長とアミロイド病の物理学,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 21pRK-10 マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学法によるアラニンジペプチドの力場依存性(生物物理,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
• 19aTC-3 マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学法によるアラニンジペプチドの温度・圧力依存性(生物物理,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
• 生体系における大規模分子シミュレーション(地球シミュレータ(続))
• 拡張アンサンブル法による膜タンパク質の立体構造予測 (特集 予測と発見)
• マルチバーリック・マルチサーマルアンサンブルにおけるレナード・ジョーンズ流体のシミュレーション(2004年度後期基礎物理学研究所研究会「モンテカルロ法の新展開3」,研究会報告)
• 2P063 拡張定温定圧アンサンブルにおけるペプチドの分子動力学シミュレーション(蛋白質 C) 物性(安定性、折れたたみなど)))
• 21pXG-11 ペプチドのマルチバーリック・マルチサーマル分子動力学シミュレーション(生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• PDBデータベースを用いたタンパク質力場パラメータの最適化
• 水と生体分子が織りなす生命現象(3)タンパク質のフォールディングシミュレーションから立体構造予測問題に迫る
• 2P057 レプリカ交換法を用いたX線1分子計測法によるたんぱく質の構造解析のシミュレーション(蛋白質 A) 構造)
• 1P116 拡張アンサンブルシミュレーションによる膜タンパク質立体構造の自己形成(膜蛋白質)
• 28aWE-6 マルチバーリックマルチサーマル法による液体のシミュレーション(化学物理理論)(領域12)
• レプリカ交換法による膜タンパク質の立体構造予測(ソフトマターの物理学2003-普遍性と多様性-,研究会報告)
• 蛋白質折り畳みの計算機シミュレーション(数学者のための分子生物学入門,研究会報告)
• レプリカ交換法による膜タンパク質の立体構造予測
• PDBデータベースによるタンパク質系の力場パラメータの最適化
• 21aZA-12 マルチバーリックマルチサーマルモンテカルロ法による気液相転移の理論的研究
• 30aPS-130 二重膜における脂質分子の運動(30aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• レプリカ交換分子動力学法の生体分子への応用
• 脂質二重膜・膜蛋白質の分子動力学計算(化学からみた物性物理)
• ぞくぞくとわかってきた膜を隔てたイオン輸送装置の構造
• S11I3 分子シミュレーションからカルシウムポンプの構造柔軟性を考える(膜蛋白質を介したエネルギー・情報変換機構を若手研究者が深
• 1P085 プロテインGのB1ドメインのC末端β-ヘアピンペプチドの天然構造を安定化する相互作用(蛋白質 C) 物生(安定性、折れたたみなど)))
• カルシウムポンプの構造と機能 (生命秩序を担う生体超分子) -- (生命秩序形成における物質移動制御)
• 3P091 カルシウムポンプと脂質二重膜の相互作用(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)
• 3P084 β-ヘアピンを形成するG-peptideの水中のシミュレーションの構造解析(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)
• 2P056 Beta2-microglobulinの部分ペプチドのシミュレーション : アミロイド形成の機構解明へ向けて(蛋白質 A) 構造)
• 1P105 カルシウムポンプのプロトン対抗輸送とカルシウム結合サイト付近の酸性残基のプロトン化率(膜蛋白質)
• 15pTA-10 分子動力学計算によるカルシウムポンプの熱揺らぎの解析(生物物理, 領域 12)
• 29pWE-11 カルシウムポンプの分子動力学(タンパク質・核酸・生体膜)(領域12)
• 29pWE-10 カルシウムポンプ(Ca^ATPase)のプロトン対抗輸送(タンパク質・核酸・生体膜)(領域12)
• REUSによるDNA base stackingの自由エネルギー計算
• 31aPS-82 REUS による DNA の自由エネルギー計算
• 1J1700 ペプチドの拡張アンサンブルシミュレーションによるエネルギー関数の比較(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
• 3P066SH3ドメインの変性状態の2次構造
• 3P063プロテインGのモデル溶媒中での拡張アンサンブルシミュレーション
• 23pYD-11 F_1-ATPase εサブユニットの分子動力学計算による研究(生物物理,領域12,ソフトマター物理,科学物理,生物物理)
• 1J1615 RISM理論による溶媒効果を含むMet-enkephalinのレプリカ交換シミュレーション(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
• 拡張アンサンブル法によるタンパク質の折り畳みシミュレーション
• 27pZC-10 Potts模型系の拡張アンサンブルシミュレーション
• 1C1100 RISM理論を用いたMet-enkephalinのマルチカノニカルシミュレーション
• 1P034分子の表面積及びデリバティブの計算
• マルチカノニカルMD法によるNMR立体構造精密化
• 24aYC-9 カルシウムポンプの機能発現機構に関する分子動力学計算(若手奨励賞,化学物理一般(光応答・光散乱,量子系・電子状態,シミュレーション手法),領域12,ソフトマター物理,科学物理,生物物理)
• 27aP-9 レプリカ交換法によるAr流体のモンテカルロシミュレーション
• カルシウムポンプの機能制御機構
• 23pTA-3 分子シミュレーションで見る小蛋白質の折れ畳み(23pTA 領域12,領域11合同シンポジウム:揺らぎが決める生体分子の構造形成と機能発現,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 水中およびアルコール中におけるペプチドの立体構造解析
• タンパク質立体構造形成における溶媒効果
• 3P48 蛋白質の立体構造予測 : RISMと徐冷法の結合
• Val-Ala変異型蛋白質の安定性変化に関する理論的解析
• 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリングの検討
• 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリングの検討
• 1P027水中のペプチド構造探索のための新拡張アンサンブル法の開発とその比較
• 1P025ヘリックス-コイル転移の拡張アンサンブル分子動力学シミュレーション
• 22aXA-10 マルチカノニカル法上レプリカ交換法の統合による新拡張アンサンブル法の開発
• 1C1115 新拡張アンサンブル法による効率的な水中のペプチド構造探索法の開発
• 3PA036 レプリカ交換法による水中のペプチドの立体構造予測
• 407 遺伝的アルゴリズムの交叉の概念を取り入れた分子動力学法の拡張手法の提案(進化的計算とその応用(2),OS16 進化的計算とその応用)
• B-016 NetSolveを用いたPSA/GAcによるタンパク質立体構造予測(B.ソフトウェア)
• A-021 連続最適化問題におけるシミュレーテッドアニーリングアルゴリズムの解探索性能の比較(A.モデル・アルゴリズム・プログラミング)
• シミュレーテッドアニーリングを用いたタンパク質立体構造エネルギ最小化における温度パラメータの検討(バイオインフォマティック)
• 29pZD-6 拡張アンサンブル法による膜タンパク質のヘリックス配置予測
• 生体分子の構造探索の理論 : 分子シミュレーションでどこまでタンパク質のダイナミクスに迫れるか?
• 1P53 SH 3ドメインの基質認識におけるループの働き
• 26pPSB-45 構成比の異なるジアシルグリセロール混合膜におけるラメラ構造からの構造変化(26pPSB 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• QM/MM法を用いたリン酸化反応の遷移状態モデリング
• 拡張アンサンブル法で探る蛋白質の折り畳み機構(拡張アンサンブル,1998年度後期基礎物理学研究所研究会「モンテカルロ法の新展開」,研究会報告)
• 拡張アンサンブル法による蛋白質の折れ畳みシミュレーション(第43回物性若手夏の学校(1998年度),講義ノート)
• モンテカルロシミュレーションによるタンパク質の立体構造予測
• モンテカルロシミュレーションで探るタンパク質の折り畳み機構
• 理論計算からタンパク質の変性構造を探る
• 22pPSA-52 多次元拡張アンサンブル法の相転移がある系への応用(22pPSA 領域11ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))
• 23aGN-8 多次元レプリカ交換インターフェース(REIN)の開発 : レプリカ交換トンネリング時間の評価法(RETUNE)(23aGN 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 膜タンパク質が触媒する物質輸送現象の分子メカニズム(計算化学)
• タンパク質系分子シミュレーションのための力場関数(最近の研究から)
• 疎水コアとα-ヘリックスを含む小タンパク質のフォールディングシミュレーション
• タンパク質系分子シミュレーションのための力場関数
• 24pAA-8 第一原理シミュレーションにおける拡張アンサンブル法の提案 : 生体系における化学反応の理解に向けて(24pAA 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 27aPS-23 二成分脂質混合膜における膜の形態変化(27aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 19aPSB-9 二次元焼き戻し法のイジングモデルへの応用(19aPSB 領域11ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))
• 29pXZC-5 Simulated Tempering and Magnetizing法のPottsモデルへの応用(29pXZC 古典フラストレート系・古典スピン系一般,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

もっと見る 閉じる

スポンサーリンク