21pRK-10 マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学法によるアラニンジペプチドの力場依存性(生物物理,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)

スポンサーリンク

概要

• 論文の詳細を見る
• 社団法人日本物理学会の論文
• 2007-08-21

著者

• 岡本 祐幸

  名古屋大学大学院理学研究科

• 岡本 祐幸

  名大院理

• 岡本 祐幸

  Jst-bird:名大院理

• 奥村 久士

  名大院理

• 奥村 久士

  分子研

• 奥村 久士

  分子研、総研大

関連論文

• 23aED-6 タンパク質系のシミュレーションに用いる主鎖二面角エネルギー項の改良(23aED 電子状態・化学反応・分子構造,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 21aEF-5 徐冷分子動力学法によるGramicidin Aのフォールディング・シミュレーションおよび膜中での構造安定性(21aEF 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 21aEF-10 温度・圧力に関する拡張アンサンブル法によるペプチドの分子動力学シミュレーション(21aEF 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 27aQE-10 部分的マルチカノニカル法によるペプチドの分子動力学シミュレーション(生物物理,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
• 18aTK-13 高圧下における液体ゲルマニウムのシミュレーション
• 27aYG-6 シリコンナノ構造からの発光機構
• 遺伝的交叉を用いた並列SAによるタンパク質立体構造のエネルギー最小化(並列処理アルゴリズムと評価)
• 127 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリングによるタンパク質立体構造予測
• 29pVC-1 はじめに(29pVC 領域12,領域9合同シンポジウム:結晶成長とアミロイド病の物理学,領域9(表面・界面,結晶成長))
• 29pVC-1 はじめに(29pVC 領域12,領域9合同シンポジウム:結晶成長とアミロイド病の物理学,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 21pRK-10 マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学法によるアラニンジペプチドの力場依存性(生物物理,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
• 19aTC-3 マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学法によるアラニンジペプチドの温度・圧力依存性(生物物理,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
• 生体系における大規模分子シミュレーション(地球シミュレータ(続))
• 拡張アンサンブル法による膜タンパク質の立体構造予測 (特集 予測と発見)
• マルチバーリック・マルチサーマルアンサンブルにおけるレナード・ジョーンズ流体のシミュレーション(2004年度後期基礎物理学研究所研究会「モンテカルロ法の新展開3」,研究会報告)
• 2P063 拡張定温定圧アンサンブルにおけるペプチドの分子動力学シミュレーション(蛋白質 C) 物性(安定性、折れたたみなど)))
• 21pXG-11 ペプチドのマルチバーリック・マルチサーマル分子動力学シミュレーション(生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• PDBデータベースを用いたタンパク質力場パラメータの最適化
• 水と生体分子が織りなす生命現象(3)タンパク質のフォールディングシミュレーションから立体構造予測問題に迫る
• 2P057 レプリカ交換法を用いたX線1分子計測法によるたんぱく質の構造解析のシミュレーション(蛋白質 A) 構造)
• 1P116 拡張アンサンブルシミュレーションによる膜タンパク質立体構造の自己形成(膜蛋白質)
• 28aWE-6 マルチバーリックマルチサーマル法による液体のシミュレーション(化学物理理論)(領域12)
• レプリカ交換法による膜タンパク質の立体構造予測(ソフトマターの物理学2003-普遍性と多様性-,研究会報告)
• 蛋白質折り畳みの計算機シミュレーション(数学者のための分子生物学入門,研究会報告)
• レプリカ交換法による膜タンパク質の立体構造予測
• PDBデータベースによるタンパク質系の力場パラメータの最適化
• 21aZA-12 マルチバーリックマルチサーマルモンテカルロ法による気液相転移の理論的研究
• 22pVA-3 生体系における拡張アンサンブル分子動力学法の発展 : マルチカノニカル法を越えて(22pVA 領域11,領域3,領域4,領域9合同シンポジウム:第一原理計算手法に基づくマルチスケールシミュレーションの展望,領域4(半導体,メゾスコピック系・局在))
• 22pVA-3 生体系における拡張アンサンブル分子動力学法の発展 : マルチカノニカル法を越えて(22pVA 領域11,領域3,領域4,領域合同シンポジウム:第一原理計算手法に基づくマルチスケールシミュレーションの展望,領域3(磁性,磁気共鳴))
• 22pVA-3 生体系における拡張アンサンブル分子動力学法の発展 : マルチカノニカル法を越えて(22pVA 領域11,領域3,領域4,領域9合同シンポジウム:第一原理計算手法に基づくマルチスケールシミュレーションの展望,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))
• 28pRH-1 2つの温度領域がある液体の非平衡分子動力学シミュレーション(28pRH 分子シミュレーション・溶液・液体,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 12aTB-14 液体の非定常熱伝導に関する分子動力学シミュレーションと流体力学計算の比較(非平衡系基礎論 : 分子機械系含む, 領域 11)
• 液体水銀の金属-非金属転移領域における体積粘性率異常の理論
• 18pTK-2 体積粘性率の新しい公式
• 臨界点近傍の気液共存線の理論的決定--従来の方法の限界を凌駕する新しい方法の提案
• 25pTF-7 定温定積シミュレーションによる気液共存線の決定
• 23aQ-9 気液臨界点と粒子間相互作用の関係
• 24aYN-2 流体構造のポテンシャル依存性
• 3P063プロテインGのモデル溶媒中での拡張アンサンブルシミュレーション
• 1J1615 RISM理論による溶媒効果を含むMet-enkephalinのレプリカ交換シミュレーション(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
• 27pZC-10 Potts模型系の拡張アンサンブルシミュレーション
• 1C1100 RISM理論を用いたMet-enkephalinのマルチカノニカルシミュレーション
• 30pZG-14 新しいモンテカルロアルゴリズム : 拡張 NPT アンサンブルシミュレーション
• 2P113 徐冷分子動力学法に基づく低誘電率中でのGramicidin Aのフォールディイング・シミュレーション(蛋白質(物性(安定性、折れ畳みなど)),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 水中およびアルコール中におけるペプチドの立体構造解析
• タンパク質立体構造形成における溶媒効果
• 3P48 蛋白質の立体構造予測 : RISMと徐冷法の結合
• 20pPSA-10 マルチカノニカルモンテカルロシミュレーションによる氷の残余エントロピーの計算(領域12ポスターセッション,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
• 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリングの検討
• 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリングの検討
• 領域12,領域9「結晶成長とアミロイド病の物理学」(第64回年次大会シンポジウムの報告)
• 28pPSB-41 Isobaric-multithermalアンサンブルでのL-J流体の液-固相転移の研究IV(28pPSB 領域12ポスターセッション(ソフトマター,化学物理,生物物理),領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 27aPS-80 Isobaric-multithermal アンサンブルでのL-J流体の液-固相転移の研究(領域11,領域12合同ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))
• 28pZG-5 タンパク質フォールディングの計算物理学 : 1 次構造から 3 次構造へ
• 407 遺伝的アルゴリズムの交叉の概念を取り入れた分子動力学法の拡張手法の提案(進化的計算とその応用(2),OS16 進化的計算とその応用)
• B-016 NetSolveを用いたPSA/GAcによるタンパク質立体構造予測(B.ソフトウェア)
• A-021 連続最適化問題におけるシミュレーテッドアニーリングアルゴリズムの解探索性能の比較(A.モデル・アルゴリズム・プログラミング)
• シミュレーテッドアニーリングを用いたタンパク質立体構造エネルギ最小化における温度パラメータの検討(バイオインフォマティック)
• 29pZD-6 拡張アンサンブル法による膜タンパク質のヘリックス配置予測
• 28aGV-10 拡張アンサンブルシミュレーションによるタンパク質圧力変性の研究(28aGV 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 26pPSB-37 マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学法によるペプチドの2次構造の温度・圧力変化(26pPSB 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 26pPSB-36 β_2ミクログロブリン二量体のレプリカ交換分子動力学シミュレーション(26pPSB 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 28aGV-7 ファンデルワールスレプリカ交換法の水中のアラニンジペプチドへの応用(28aGV 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 26pPSB-39 レプリカ交換分子動力学法によるprotein Aの折り畳みシミュレーション(26pPSB 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 拡張アンサンブル法で探る蛋白質の折り畳み機構(拡張アンサンブル,1998年度後期基礎物理学研究所研究会「モンテカルロ法の新展開」,研究会報告)
• 拡張アンサンブル法による蛋白質の折れ畳みシミュレーション(第43回物性若手夏の学校(1998年度),講義ノート)
• モンテカルロシミュレーションによるタンパク質の立体構造予測
• モンテカルロシミュレーションで探るタンパク質の折り畳み機構
• 21aGQ-7 周期境界条件下での局所応力変形を介した階層連結分子動力学手法(21aGQ 格子欠陥・ナノ構造(エネルギー材料・金属),領域10(誘電体,格子欠陥,X線・粒子線,フォノン))
• 21pJF-12 クーロンレプリカ交換シミュレーション法の提案(21pJF 化学物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 22pPSA-52 多次元拡張アンサンブル法の相転移がある系への応用(22pPSA 領域11ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))
• 23aGN-10 シニョリンのマルチバーリック・マルチサーマル分子動力学シミュレーション(23aGN 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• タンパク質系分子シミュレーションのための力場関数(最近の研究から)
• 疎水コアとα-ヘリックスを含む小タンパク質のフォールディングシミュレーション
• タンパク質系分子シミュレーションのための力場関数
• 24pAA-8 第一原理シミュレーションにおける拡張アンサンブル法の提案 : 生体系における化学反応の理解に向けて(24pAA 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 20pAB-2 αへリックス・βストランドレプリカ交換分子動力学シミュレーション法の開発とデザインペプチドへの応用(20pAB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 20pAK-12 平均力ダイナミクスに基づく新しい自由エネルギー計算手法の開発(20pAK 化学物理2,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 19aPSB-9 二次元焼き戻し法のイジングモデルへの応用(19aPSB 領域11ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))
• 29aEB-12 荷電粒子と電磁場の系のシンプレクティック時間積分法(29aEB プラズマ基礎(乱流,輸送,波動,粒子加速,数値解析・シミュレーション),領域2(プラズマ基礎・プラズマ科学・核融合プラズマ・プラズマ宇宙物理))
• 29pXZC-5 Simulated Tempering and Magnetizing法のPottsモデルへの応用(29pXZC 古典フラストレート系・古典スピン系一般,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))
• 29aPS-37 核磁気共鳴法とレプリカ交換分子動力学シミュレーションによるスタフィロコッカル・ヌクレアーゼの安定性とフォールディング/アンフォールディングの研究(29aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 1516 アフィン結合法による多階層分子動力学シミュレーション(OS15.固体物理/流体物理のマルチフィジックス/マルチスケール解析(4),OS・一般セッション講演)
• 9aQC-3 高圧下における液体ゲルマニウムの強結合分子動力学シミユレーション(液体金属,領域6)
• 27aKN-7 拡張アンサンブルシミュレーションによるAK16ペプチドにおける構造圧力依存性(化学物理・生物物理(電子系・分子シミュレーション等),領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

もっと見る 閉じる

スポンサーリンク