レプリカ交換分子動力学法の生体分子への応用
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概要
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我々は方法論やプログラムを開発しながら,疾患や生体機構に関連する生体分子の機能解明の為の研究を中規模-大規模並列型計算機を用いて行っている.現在,アルツハイマー病の機構解明に関する研究を行なっており,アミロイド β ペプチドの生成機構を関連蛋白質の構造予測から解明しようとしている.具体的にはレプリカ交換分子動力学法 (REMD) という効率の良いサンプリング手法を使い,生体膜中のアミロイド前駆体蛋白質 (APP) の構造予測を行っている.この計算により,アルツハイマー病の初期過程がわかってきたので報告する.
- 2010-10-06
著者
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宮下 尚之
理研次世代計算P
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杉田 有治
理化学研究所基幹研究所
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杉田 有治
理研基幹研:jst-crest:bird
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宮下 尚之
理化学研究所次世代計算科学研究開発プロジェクト
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宮下 尚之
岐阜大人獣研
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杉田 有治
理化学研究所
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