超並列クラスタにおける3D-RISMへのVolumetric並列三次元FFTの適用と性能評価
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概要
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本論文では,3D-RISM 法に対して volumetric 並列三次元 FFT アルゴリズムを適用し,大規模並列クラスタ上における性能を評価する.3D-RISM 法の反復計算過程において三次元 FFT が必要となり,この部分が計算時間の大半を占める.volumetric 並列三次元 FFT アルゴリズムを適用した 3D-RISM 法のコードを T2K-Tsukuba システム上で実装し,同コードの性能を評価した.データ数が256<sup>3</sup> の 3D-RISM に対して,T2K-Tsukuba システムの 2048 コアを用いて OpenMP/MPI ハイブリッド並列を行った結果,16 コアを用いた場合と比較して約 60 倍の速度向上率が得られた.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2009-10-02
著者
-
佐藤 三久
筑波大学大学院システム情報工学研究科
-
高橋 大介
筑波大学大学院システム情報工学研究科
-
高橋 大介
東京大学情報基盤センター:(現)埼玉大学大学院理工学研究科
-
多田野 寛人
筑波大学大学院博士課程システム情報工学研究科
-
丸山 豊
分子研
-
高橋 大介
筑波大学計算科学研究センター
-
平田 文男
分子科学研
-
佐藤 三久
筑波大学システム情報工学研究科
-
高橋 大介
筑波大学
-
佐藤 三久
筑波大学大学院システム情報工学研究科|筑波大学計算科学研究センター
-
吉田 紀生
分子科学研究所
-
丸山 豊
分子科学研究所
-
多田野 寛人
筑波大学
-
平田 文男
分子科学研究所・理論・計算分子科学研究領域
-
多田野 寛人
筑波大学大学院システム情報工学研究科
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