構造モデルに基づく塩基配列からのboxC/D型snoRNA遺伝子検出法
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概要
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本論文では,boxC/D型snoRNAの一次構造,および二次構造を考慮した構造モデルに基づき,同遺伝子を高精度に検出する手法を提案する.機能性RNAの1つであるboxC/D型snoRNAは真核生物の核小体内に存在し,リボソームRNAなどのメチル化などに関与すると考えられている.RNA修飾の意義はよく分かっておらず,機能性RNAの役割を明らかにするためにも,より多くの機能性RNA遺伝子を発見することが望まれている.提案手法では,boxC/D型snoRNAが持つ特徴的な塩基配列であるボックスと,ステム構造と呼ばれる相補塩基対で構成された二次構造の双方に着目し,ボックス存在位置などにモデルに基づく制約を課することで高精度にsnoRNA遺伝子を検出する.実験により,提案手法は97.5%の精度でboxC/D型snoRNA遺伝子を検出できることを示した.
- 2013-03-12
著者
-
岩切 淳一
宮崎大学大学院工学研究科
-
吉原 郁夫
宮崎大学 工学部
-
剣持 直哉
宮崎大学フロンティア科学実験総合センター
-
吉原 郁夫
宮崎大学工学部機械システム工学科
-
山森 一人
宮崎大・工・情報システム
-
山森 一人
宮崎大学工学部
-
岩切 淳一
東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻
-
薛 晨
ソフトバンクモバイル株式会社
-
吉原 郁夫
宮崎大学
-
山森 一人
宮崎大学工学教育研究部
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