複数のGPUを用いた3次元Smith-Waterman法の性能評価
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概要
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近年,画像処理専用のハードウェアである GPU(Graphics Processing Unit) を汎用計算に用いる動きが多くみられるようになってきている.GPU のような並列計算ハードウェアでの高速化が期待されているアプリケーションの中のひとつに,SW(Smith-Waterman) 法がある.SW 法は DNA 配列の相同性検索に用いられているが,応用研究として時系列データの解析にも用いられており,そのひとつに,うつ病診断に用いられる fNIRS による脳血流量の解析がある.fNIRS は多数の計測点から出力があり,2 つの文字列の比較を行う SW 法を利用して解析するためには,一度に比較できる系列数の拡張が課題となる.そこで本研究報告では,3 次元 SW 法を提案し,fNIRS のデータに基づいて,処理能力を CPU と GPU で,また GPU の枚数を変化させ評価した.
- 2012-03-20
著者
-
吉見 真聡
同志社大学理工学部
-
三木 光範
同志社大学理工学部
-
廣安 知之
Graduate School Of Engineering Doshisha University
-
廣安 知之
同志社大学
-
三木 光範
Faculty Of Science And Engineering Doshisha University
-
吉見 真聡
Faculty Of Science And Engineering Doshisha University
-
吉見 真聡
慶應義塾大学
-
三木 光範
同志社大学
-
三木 光範
金沢工業大学材料システム研究所
-
三本 光範
同志社大学工学部
-
吉見 真聡
Department Of Science And Engineering Doshisha University
-
吉見 真聡
同志社大学工学部
-
吉見 真聡
同志社大学 理工学部
-
吉見 真聡
同志社大学大学理工学部
-
須戸 里織
同志社大学
-
吉見 真聡
同志社大学
-
三木 光範
同志社大学理工学部インテリジェント情報工学科:知的照明システム推進協議会
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