324 一塩基分解能を有するDNA粗視化シミュレータの開発(T06-1 マイクロ・ナノ熱流体システム(1) モデル,大会テーマセッション,21世紀地球環境革命の機械工学:人・マイクロナノ・エネルギー・環境)
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
A rapid and low-cost sequencing method for DNA base arrangements has been studied in recent years. Resolution of single base pair of DNA is required in order to realize the practical technique. From the theoretical viewpoint, all atom simulations of DNA consume too much resource and more efficient methods should be proposed. This work presents a mesoscale coarse-grained model of DNA in which typical properties of DNA are maintained. Several types of interaction potentials have been suggested to keep the double strand structure. Coulomb interaction, which is one of the most important components, is added to consider the influence of external electric fields on the DNA structure. Potential for dihedral angle is efficient to realize the double strand structure. Dynamics of our model has been discussed using Langevin dynamics simulations. Not only the double strand structure but also the ladder one has been recognized. Transformation between these two states has occurred across the transition state.
- 一般社団法人日本機械学会の論文
- 2008-08-02
著者
関連論文
- 酸素付加能を有する振動流型人工心臓の開発とその牛血実験(流体工学,流体機械)
- 213 振動流型人工心臓による血流の酸素濃度制御に関する流体力学解析(OS-2 マイクロ・ナノ流体工学(4))
- 745 膵島の分離操作における力学的損傷量の評価(S08-4 細胞の構造とメカノバイオロジー(4),S08 細胞の構造とメカノバイオロジー)
- T0502-3-6 量子分子動力学法における電子波動関数の時間発展に関する数値解法(マイクロ・ナノ領域におけるバイオ・熱流体の融合学術創成(3))
- T0502-1-3 モルモットの蝸牛内におけるMEMS人工内耳基底膜の性能評価(マイクロ・ナノ領域におけるバイオ・熱流体の融合学術創成(1)バイオMEMS)
- 0902 透明性電極を有する微小流路における界面動電現象の計測(OS9-1 先端的熱流体計測法,オーガナイズドセッション)
- T0502-3-3 透明性微小電極を用いた生体高分子のナノ流動制御(マイクロ・ナノ領域におけるバイオ・熱流体の融合学術創成(3))
- T0502-3-2 ナノ流路における生体高分子流動の可視化観察(マイクロ・ナノ領域におけるバイオ・熱流体の融合学術創成(3))
- T0502-1-4 圧電性高分子薄膜を用いたMEMS人工内耳基底膜の開発(マイクロ・ナノ領域におけるバイオ・熱流体の融合学術創成(1)バイオMEMS)
- 移動度の異なるトレーサ粒子を用いた電場と界面動電現象の計測(非ニュートン性,機能性を示す複雑流体の流動と応用)
- 637 人工内耳基底膜の振動特性における周囲流体の影響(GS3:流体計測とイメージング)
- 335 Droplet-based μTASの液滴駆動における接触線流動(GS4-1:生体計測と応用(1))
- 302 微小電極を有するナノ流路を用いた生体高分子の電気計測(OS11-1:マイクロ・ナノバイオメカニクス(1),OS11:マイクロ・ナノバイオメカニクス)
- Electrowettingおよび界面振動を用いた鉛直平行電極上における微小液滴の輸送(流体工学,流体機械)
- 352 人工内耳基底膜の振動と周波数弁別特性(T06-5 マイクロ・ナノ熱流体システム(5) 光・波動・振動,大会テーマセッション,21世紀地球環境革命の機械工学:人・マイクロナノ・エネルギー・環境)
- 351 圧電式人工基底膜の振動解析(T06-5 マイクロ・ナノ熱流体システム(5) 光・波動・振動,大会テーマセッション,21世紀地球環境革命の機械工学:人・マイクロナノ・エネルギー・環境)
- 1010 多数の分岐を有する微小流路内における電気浸透流の計測(GS-5 流体計測)
- 502 圧電材料を用いた人工内耳の開発とその特性解析(OS-8 医工連携)
- 界面振動と Electrowetting を用いた微小液滴の輸送とその数理モデルの構築
- 1431 ナノ流動における電気二重層と界面動電位の特性解析(S38-1 ナノフルイズ,S38 マイクロ・ナノフルイズ)
- 0824 Analysis of Vibrating Amplitude and Electric Signal on MEMS Device of Artificial Cochlea
- 109 鉛直平行電極を用いた微小液滴輸送法における接触線流動と動的接触角(OS-5 界面が関わる複雑熱流体現象(4))
- M6-2 MEMS人工内耳基底膜のin vivo刺激特性評価(M6 バイオセンサ・システム)
- 216 カーボンナノチューブ内の水分子構造に関する量子力学解析(OS-2 マイクロ・ナノ流体工学(4))
- M6-4 一塩基分解能を有する粗視化DNAモデルの開発と電気泳動解析(M6 バイオセンサ・システム)
- T0502-3-5 DNA断片における拡散係数の全原子MD解析(マイクロ・ナノ領域におけるバイオ・熱流体の融合学術創成(3))
- T0502-3-4 固体高分子形燃料電池の積層界面におけるプロトン移動の理論モデル(マイクロ・ナノ領域におけるバイオ・熱流体の融合学術創成(3))
- 325 粗視化DNAモデルを用いた流動シミュレーション(OS6-4:生体モデリングとシミュレーション(4),OS6:生体モデリングとシミュレーション)
- 324 粗視化DNAモデルの力学的挙動(OS6-4:生体モデリングとシミュレーション(4),OS6:生体モデリングとシミュレーション)
- 510 DNA塩基対間の電荷移動に関する理論的研究(T07-2 流体及び界面におけるナノ構造と流動特性(2),大会テーマセッション,21世紀地球環境革命の機械工学:人・マイクロナノ・エネルギー・環境)
- 509 カーボン材料表面近傍の水素分子流動に関する量子分子動力学解析(T07-2 流体及び界面におけるナノ構造と流動特性(2),大会テーマセッション,21世紀地球環境革命の機械工学:人・マイクロナノ・エネルギー・環境)
- 325 DNA断片の流動に対する水和構造の影響について(T06-1 マイクロ・ナノ熱流体システム(1) モデル,大会テーマセッション,21世紀地球環境革命の機械工学:人・マイクロナノ・エネルギー・環境)
- 324 一塩基分解能を有するDNA粗視化シミュレータの開発(T06-1 マイクロ・ナノ熱流体システム(1) モデル,大会テーマセッション,21世紀地球環境革命の機械工学:人・マイクロナノ・エネルギー・環境)
- 408 分子ノズルとしてのカーボンナノチューブによるジェットの基本特性評価(OS-3 複雑流体現象(3))
- 1432 水中のシリコン基板近傍におけるリゾチームの分子動力学解析(S38-1 ナノフルイズ,S38 マイクロ・ナノフルイズ)
- 215 Poly(dA)・poly(dT)DNA断片の自己集合化に関する研究(OS-2 マイクロ・ナノ流体工学(4))
- 217 カーボンナノチューブ先端における水分子の量子力学解析(OS-2 マイクロ・ナノ流体工学(4))
- M6-3 電場を印加したナノ流路における長鎖DNAの流動特性(M6 バイオセンサ・システム)
- 1101 ナノ流路内のイオン輸送における電気二重層と界面電荷の影響(2)(OS11-1 ナノ・マイクロフルイディクス(ナノ・マイクロチャンネル),OS11 ナノ・マイクロフルイディクス,オーガナイズドセッション)
- 1101 ナノ流路内のイオン輸送における電気二重層と界面電荷の影響(1)(OS11-1 ナノ・マイクロフルイディクス(ナノ・マイクロチャンネル),OS11 ナノ・マイクロフルイディクス,オーガナイズドセッション)
- 820 細胞分離における生体細胞の破壊とその評価方法(2)(OS8-5 医療援用工学における流動ダイナミクス,OS8 医療援用工学における流動ダイナミクス,オーガナイズドセッション)
- 820 細胞分離における生体細胞の破壊とその評価方法(1)(OS8-5 医療援用工学における流動ダイナミクス,OS8 医療援用工学における流動ダイナミクス,オーガナイズドセッション)
- 805 カーボンナノチューブ内の水分子流動解析(2)(OS8-2 医療援用工学における流動ダイナミクス,OS8 医療援用工学における流動ダイナミクス,オーガナイズドセッション)
- 805 カーボンナノチューブ内の水分子流動解析(1)(OS8-2 医療援用工学における流動ダイナミクス,OS8 医療援用工学における流動ダイナミクス,オーガナイズドセッション)
- ホール型推進機の二次元 Hybrid-PIC モデルに基づく数値解析
- 電熱加速型パルスプラズマ推進機の流体モデルによる解析
- 1433 DNA自己集合化パターンの反応拡散波モデル(S38-1 ナノフルイズ,S38 マイクロ・ナノフルイズ)
- 214 リゾチームと抗体の相互作用に関する分子動力学解析(OS-2 マイクロ・ナノ流体工学(4))
- T0501-5-5 人工内耳用MEMS音響センサの振動特性とそのモデル化([T0501-5]マイクロ・ナノスケールの熱流体現象(5))
- F1-2 Molecular fluid dynamics of Li^+ ions forming solvation structures
- F1-1 Dynamic Behavior of a Nanoparticle Passing through Nano-electrodes
- T0501-4-5 リチウムイオンの流動性に対する溶媒和構造の影響([T0501-4]マイクロ・ナノスケールの熱流体現象(4))
- J0802-1-6 PEFCの過電圧に対する膜電極接合体界面の影響([J0802-1]PEFC)
- 743 電場影響下におけるDNA断片の流動に関する動力学解析(OS21.細胞・生体分子の計算バイオメカニクス(1),オーガナイズドセッション)
- 741 DNA分子の電子構造と電子波動関数のダイナミクス(OS21.細胞・生体分子の計算バイオメカニクス(1),オーガナイズドセッション)
- T0501-5-4 制限ナノ空間におけるDNAの流動計測とそのモデル化([T0501-5]マイクロ・ナノスケールの熱流体現象(5))
- T0501-5-6 poly(dA)・poly(dT)DNAの自己集合化構造に対する外部電場の影響([T0501-5]マイクロ・ナノスケールの熱流体現象(5))
- 1509 制限ナノ空間における長鎖DNAの電気泳動現象(OS15-2 先端的熱流体計測法,オーガナイズドセッション)
- 9E-09 神経回路網への局所物質導入を可能とする微小流路ネットワークの開発(OS-1(1) 微小循環器系のバイオエンジニアリング(2))
- 8E-18 時間変動音を用いた多電極MEMS人工内耳の応答計測(OS-13(2) 聴覚・神経系の医療マイクロデバイス)
- 0304 電場が作用するHOPG基板におけるDNAの自己集合化(OS3-1 ナノスケールの熱流動現象,オーガナイズドセッション)
- 1-5 厚み変化を有する微小振動梁アレイのグレイスケールリソグラフィによる製作(OS2-1 三次元の微細形状創成技術)