相同遺伝子を考慮したGOアノテーションへの多階層分類の適用
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概要
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本研究では,共通祖先からの種分化によって生じた遺伝子(相同分子種)を利用し,遺伝子機能の階層構造を考慮した多階層分類による遺伝子機能アノテーションの手法を提案する.遺伝子機能とは,当該遺伝子(の生成物)が持つ性質であり,FlyBaseやMGIなど既存のモデル生物データベースにおいて各遺伝子の主要な情報として付与されている.これらの遺伝子機能の記述は,複数のモデル生物データベースに対する横断的なアクセスを可能にするため,一種の統制語彙であるGene Ontology (GO)に基づいて行われている.提案手法は,所与の遺伝子とその相同遺伝子との対応関係に基づき,相同遺伝子に既に付与されている遺伝子機能を制約とし,この制約上で利用可能な訓練事例から動的に分類器を作成することで高精度な分類を行う.先行研究との比較により,提案手法の有効性を示す.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2008-12-10
著者
-
上原 邦昭
神戸大学大学院自然科学研究科
-
関 和広
神戸大学自然科学系先端融合研究環
-
木野 嘉祐
神戸大学大学院工学研究科
-
上原 邦昭
神戸大学大学院工学研究科
-
上原 邦昭
神戸大学大学院システム情報学研究科
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