多様な遺伝子名認識と文書分類を用いたGene Ontologyアノテーション(パターン認識)
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概要
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Gene Ontology (GO)は遺伝子の機能を記述するために作られた一種の統制語彙であり,複数の異なるモデル生物データベースを横断的に検索可能にする.GOコードを個々の遺伝子に付与する作業,すなわちGOアノテーションは情報アクセスの効率性を向上させるために重要であるものの,その専門性の高さから自動化は進んでいない.そこで本研究ではGOアノテーション自動化の第一歩として,テキスト分類の手法を応用してGOドメインの推定を行う.まず,生物医学分野の特殊な術語を考慮し,辞書や規則を併用して多様な遺伝子名表記を同定する.そして同定した遺伝子名出現箇所の周辺単語を当該遺伝子に関連づけ,教師付きの単語重みとk近傍法を用いて適切なGOドメインを推定する.実データを用いた評価実験により提案手法の優位性を示し,更に同手法が他の関連分類問題においても有効であることを示す.
- 2008-04-01
著者
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