A Method to Support Cell Physiological Modelling Using Description Language and Ontology
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概要
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The development of physiological cell models to support the understanding of biological mechanisms gains increasingly importance. Due to the complexity of biological systems, whole cell models, which are composed of many imported component models of functional elements, get quite complex, making modifications difficult. Here, we propose a method to enhance structural changes of cell models, employing the markup languages of CellML and our original PMSML (Physiological Model Structure Markup Language), in addition to a new ontology for cell physiological modelling, the Cell Model Ontology. In particular, a method to make references from CellML files to the ontology and a method to assist with manipulation of model structures using PMSML together with the Cell Model Ontology are reported. Using these methods two software utilities, an interactive ontology ID assigner, the CellML Ontologizer, and a graphical cell model editor, the Cell Structure Editor, are implemented. Experimental results proved that the proposed method and the implemented software are useful for the modification of physiological models.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2006-11-15
著者
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天野 晃
立命館大学生命科学部
-
天野 晃
京都大
-
天野 晃
京都大学 大学院 医学研究科 細胞機能制御学
-
SHIMAYOSHI TAKAO
ASTEM Research Institute of Kyoto
-
KOMURASAKI KAZUHIRO
Graduate School of Informatics, Kyoto University
-
AMANO AKIRA
Graduate School of Informatics, Kyoto University
-
IWASHITA TAKESHI
Academic Center for Computing and Media Studies, Kyoto University
-
MATSUDA TETSUYA
Graduate School of Informatics, Kyoto University
-
KANAZAWA MASANORI
Academic Center for Computing and Media Studies, Kyoto University
-
Matsuda Tetsuya
Graduate School Of Informatics Kyoto University
-
Iwashita Takeshi
Academic Center For Computing And Media Studies Kyoto University
-
Kanazawa Masanori
Academic Center For Computing And Media Studies Kyoto University
-
Shimayoshi Takao
Astem Res. Inst. Of Kyoto
-
Komurasaki Kazuhiro
Graduate School Of Informatics Kyoto University
-
天野 晃
立命館大学生分科学部
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