RT-nested PCR法と自動シークエンサーを用いたダイレクトシークエンスによるHCVゲノタイピングの検討

概要

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C型肝炎ウイルス(HCV)は変異株が多く,すでにI〜V型(岡本らの分類)のゲノダイブの存在が明らかにされている。患者血清から迅速な HCV ゲノタイピングを目的に, HCV 感染者全20例の解析を行った。HCV の検出法として, HCV 第2世代抗体測定,アンプリコア HCV による HCV RNA 検出,新たに Core および NS5領域の RT-nested PCR による解析法を開発し,検討した。解析した20症例は第2世代抗体およびアンプリコア HCV 陽性で, Core および NS5領域の RT-nested PCR では20例中19例が陽性であった。Core 陽性を示した19例の PCR 産物をサイクルシークエンスにて反応後,自動シークエンサーを用いて解析し, HCV ゲノム RMA の塩基配列を決定した。シークエンスの結果を, HCV II, III および IV 型の consensus 配列との核酸ならびにアミノ酸レベルの相同性を比較し, HCV ゲノタイプを判定した。19例全例のゲノタイピングが可能であり, II型が10例(52.6%), III 型が5例(26.3%), IV 型が4例(21.1%)と分類された。RT-nested PCR と自動シークエンサーを用いたダイレクトシークエンスによるゲノタイピングは,従来のゲノタイプ特異的なプライマー法に比してより正確なタイピングができ,検査として導入可能な解析法であった。HCV ゲノタイピングは,インターフェロン治療効果の予測,ウイルス動態の把握において,臨床的に有用な情報を提供し得ると考えられた。
北里大学の論文
1996-06-30

RT-nested PCR法と自動シークエンサーを用いたダイレクトシークエンスによるHCVゲノタイピングの検討

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