DNA計算における局所探索法による反応障壁近似計算
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概要
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DNA計算はDNA分子の形態変化を計算規則とみなす計算パラダイムであり,望ましい形態変化を行う分子配列の設計(配列設計問題)が様々な角度から研究されている.本研究は配列設計において大きな役割を果たすといわれる,反応エネルギー障壁値を求める問題について考える.エネルギー障壁は,分子反応の(通常は分子長の指数オーダー分存在する)中間形態により定まるものであり,全探索による求解は現時的ではない.本研究では,局所探索法に基づく高速な近似解法を提案する.計算機実験による既存の厳密解法との比較では,多くの配列例で本近似解法により高速に比較的良い解を得られることが確認された.
- 2004-10-08
著者
-
小野 廣隆
九州大学システム情報科学研究院
-
小野 廣隆
九州大学大学院システム情報科学研究院
-
山下 雅史
九州大学大学院システム情報科学研究院
-
定兼 邦彦
九州大学大学院システム情報科学研究院
-
武田 勉
九州大学システム情報科学府情報工学専攻
-
山下 雅史
九州大学大学院システム情報学府
-
武田 勉
九州大学大学院システム情報科学府
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