複数の生物学的配列の準最適アラインメントについて

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概要

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アラインメントの準最適解問題は、分子生物学上極めて重要な問題であり、2本の配列に関する問題ではよく研究されているが、それ以上の複数アラインメントについては殆んど不可能とされてきた。本論文では、A_*アルゴリズム[4,5]とEppsteinアルゴリズム[1]を拡張し、最適解及び準最適解に含まれる文字の組合わせの集合を求めるようなアルゴリズムと、準最適解の列挙のアルゴリズムを構築する。更に、多くの場合に準最適解か極めて多いことをふまえ、いかなる解が不必要であるかを考察し、必要な解だけを列挙するような効率的なアルゴリズムを提案する。また、これらのアルゴリズムの効果並びに得られた準最適解の性質については、実験を通して評価する。
1996-05-29

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