タンパク質ヒンジ構造検出のための高速かつ正確なアルゴリズム
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概要
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タンパク質構造の類似性を測る尺度としてRMSDがあるが、本論文では、これをヒンジ構造部分は異なるが、それ以外の部分は類似するようなタンパク質構造の比較に用いることができるように拡張する。本論文では、それをRMSDhと名づけ、これを計算する高速なアルゴリズムを提案する。このRMSDhはヒンジ構造が1箇所の場合には線形時間で計算することができることを示す。さらにヒンジ構造が高々k箇所の場合には、O(kn^2)時間・O(n)空間で計算することができることを示す。さらに計算機実験を行い、実際にヒンジ構造を検出することが高速かつ正確にできることを示す。
- 2007-09-13
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