Rothia mucilaginosaゲノムにコードされるシグマ因子の生物情報学的解析

概要

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細菌は,RNAポリメラーゼのサブユニットであるシグマ因子を置換し,プロモーター認識特異性を変化させることで転写制御することが知られている.本研究では,最近,我々が全ゲノム配列を決定した,難治性根尖性歯周炎由来のRothia mucilaがnosa DY-18株について,生物情報学的手法を用いて,シグマ因子の同定とその特徴付けを行った.複数のシグマ因子をクエリとして用いた網羅的な相同性解析により,DY-18株は,ハウスキーピング遺伝子の発現に関与する主要シグマ因子と,外部環境の変化に応じて遺伝子発現を制御する置換型シグマ因子の2種類のシグマ因子をもつことが明らかになった.また,置換型シグマ因子の活性を抑制するアンチシグマ因子の存在が認められ,それらをコードする遺伝子はゲノム上に隣在していた.アンチシグマ因子を用いた相同性解析とマルチプルアラインメント解析から,アンチシグマ因子にはレドックスモチーフが存在することが明らかになり,DY-18株がもつ置換型シグマ・アンチシグマシステムは,酸化ストレスに応答するシステムであることが推測された.
大阪歯科学会の論文
2010-03-25