スプライスト・アライソメントに基づいたcDNAライブラリの正確なクラスタリング・アルゴリズム
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概要
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本論文ではcDNAライブラリ中の配列の選択的スプライス産物グループへのクラスタリングについて論じる。既存の方法は誤ったクラスタを生成することが多いが、本論文で提案する手法はスプライスト・アライソメントと呼ばれるスプライシング機構を考慮したアライソメントを行なうことによってより正確なクラスタリングを行なう。しかしながら、このアライソメントは計算量が非常に大きいため、そのままではcDNAライブラリ中の配列の総当たり計算をすることはほとんど不可能である。そこで、本論文では、結果の正確さを変更せずに高速化する手法を開発し、ナイーブな方法の4000倍〜20000倍の高速化に成功した。
- 2002-05-17
著者
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鹿島 久嗣
東京大学
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小長谷 明彦
理化学研究所ゲノム科学総合研究センター
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小長谷 明彦
独立行政法人 理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター
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鹿島 久嗣
日本アイ・ビー・エム株式会社
-
鹿島 久嗣
日本アイ・ビー・エム(株)東京基礎研究所
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小長谷 明彦
理化学研究所ゲノム情報科学研究グループ
-
渋谷 哲朗
日本アイ・ビー・エム(株)東京基礎研究所
-
Schonbach Christian
理化学研究所ゲノム科学総合研究センター
-
鹿島 久嗣
京都大学大学院情報学研究科
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