機能分散型生体高分子シミュレーション実行環境(HPC-2 : グリッド(1))(2004年並列/分散/協調処理に関する『青森』サマー・ワークショップ(SWoPP青森2004) : 研究会・連続同時開催)
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概要
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生体シミュレーションは微視的な視点から巨視的な視点まで空間軸と時間軸の様々なスケールにおけるシミュレーションの連携(マルチスケールシミュレーション)として認識されるつつあり、今日まで別々の学問として認識されてきたシミュレーション手法が連携することによる計算化学領域のパラダイムシフトに対する期待が高まっている。われわれはシミュレーションは時間軸を適当な間隔で区切り、各タイムステップにおける計算を繰り返すことによって時間的に連続なデータを得るものであると考察する。さらに、その考察に基づき、解析、監視・可視化、データ管理の一連の流れのモデルを提案する。本論文では、複数のシミュレーションプログラムをOGSA上で連携させる機能分散型のQM/MMシミュレーション環境の構築手法について論じる。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2004-07-30
著者
-
米澤 康滋
阪大蛋白研
-
下條 真司
大阪大学サイバーメディアセンター
-
中村 春木
大阪大 蛋白質研
-
伊達 進
大阪大学大学院情報科学研究科
-
市川 昊平
大阪大学大学院情報科学研究科
-
中村 春木
大阪大学蛋白質研究所附属生体分子解析センター
-
中田 一人
NECソフト
-
米澤 康滋
大阪大学蛋白質研究所
-
Apostolov Rossen
大阪大学蛋白質研究所
-
伊達 進
大阪大学
-
市川 昊平
関西大学ソシオネットワーク戦略研究機構|大阪大学サイバーメディアセンター
-
伊達 進
大阪大学サイバーメディアセンター
-
中村 春木
大阪大学蛋白研究所
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