Aquaporin1 channel proteins : Hybrid-QM/MM Computer Simulation

スポンサーリンク

概要

• 論文の詳細を見る
• 日本生物物理学会の論文
• 2003-08-25

著者

• 米澤 康滋

  阪大蛋白研

• 中村 春木

  阪大蛋白研

• 中村 春木

  大阪大 蛋白質研

• Apostolov Rossen

  阪大蛋白研究所

• Apostolov Rossen

  阪大蛋白研

関連論文

• 23aPS-86 新しい和の原理に基づく静電相互作用エネルギーの算出(23aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 特集にあたって (特集 蛋白質動的構造の新しいパラダイム)
• 蛋白質計算科学のさらなる発展を目指して--次世代スーパーコンピュータによるヘテロでダイナミックな蛋白質の電子構造解析
• 光合成反応中心スペシャルペアの電子非対称性の構造的起源 : 量子化学計算とバイオインフォマティクスによるアプローチ
• 膜タンパク質の結晶化技術の新展開及び創薬バリューチェインの紹介(誌上シンポジウム)
• 2P036 X線結晶構造における生理学的接触と結晶学的接触の判別法の開発(蛋白質 B) 構造・機能相関))
• 1P270 抗体CDR-H3の構造分類(ゲノム生物学,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 30pTJ-5 マルチカノニカル法の並列化について(30pTJ 古典スピン系一般・量子スピン系,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))
• 3P356 生体高分子NMRデータベース : BMRBの新しいデータ登録ウェブサイト「ADIT-NMR」(その他,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 1C1800 プロテインデータバンクの阪大・蛋白研における登録・編集の開始
• 2PA053 DEEを利用した蛋白質変異設計プログラムshrike
• 29pVC-4 アルツハイマーβアミロイドペプチドの分子シミュレーション(29pVC 領域12,領域9合同シンポジウム:結晶成長とアミロイド病の物理学,領域9(表面・界面,結晶成長))
• 2P099 ベンゼン分子のπ電子とH2O間相互作用のQM/MMシミュレーション(蛋白質 E) 計測・解析の方法論))
• 29pVC-4 アルツハイマーβアミロイドペプチドの分子シミュレーション(29pVC 領域12,領域9合同シンポジウム:結晶成長とアミロイド病の物理学,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 22aWB-9 アルファ/ベータ両方の二次構造要素を含む40残基蛋白質のフォールディングシミュレーション(22aWB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 2P098 QM/MM境界に化学結合が存在するQM/MMシミュレーションアルゴリズムの開発とその応用(蛋白質 E) 計測・解析の方法論))
• 20aPS-125 マルチカノニカルMDシミュレーションによって描かれるdisordered protein(水中アミロイドβ12-36残基断片)の自由エネルギー地形(20aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 20aPS-124 蛋白質周辺における水分子の協調的挙動の分子動力学シミュレーションによる解析(20aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 1P081 QM/MMシミュレーションの開発と性能評価(蛋白質 E) 計測・解析の方法論)
• 20aPS-123 マルチカノニカル分子動力学法によるアミロイドペプチドの会合シミュレーション(20aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• QM/MMシミュレーションに関する新しい計算手法の開発
• 2P008 アルファとベータの二次構造を含む40残基の蛋白質H-NSのfolding simulation(蛋白質(構造・構造機能相関),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 28pZG-6 タンパク質構造のダイナミクスを自由エネルギー地形から眺める
• たんぱく質の立体構造に基づく物理情報学
• 1J1345 β-ヘアピンペプチドのフォールディングシミュレーション(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
• 1J1400 自由エネルギー地形からみたヘリカルペプチドのフォールディング・アンフォールディング機構(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
• オーバービュー:タンパク3000プロジェクトの進展と世界の潮流 (特集 構造ゲノムプロジェクトの進展)
• マルチカノニカルMD法から得られた小ペプチドのエネルギー地形とフォールディング機構(2000年度基礎物理学研究所研究会「モンテカルロ法の新展開2」,研究会報告)
• 蛋白質立体構造のデータベースと特許をめぐる動き
• 1P028ヘリカルペプチドの水中におけるエネルギー地形
• 1P026エネルギー地形からみたβ-ヘアピンペプチドのフォールディング、アンフォールディング機構
• 3C1330 抗NP抗体B2のCDR-H3ループの真空中と水中における構造比較
• 3C1315 分子動力学によるβヘアピン形成
• 3A1615 multicanonical WHAM法によるドッキング・シミュレーション
• 1C0900 ペプチド自由エネルギー地形の量子化学計算による補正
• 分子薬物相互作用のシミュレーションとstructure-based drug design (バーチャルヒューマン)
• タンパク質立体構造データベースの高度化： PDBj
• 研究室紹介 構造バイオインフォーマティクス:生命科学と計算科学の融合
• 2P060Tsallis統計の変数qを変動させる構造探索
• マルチカノニカル法によるタンパク質の自由エネルギー地形の解析(拡張アンサンブル,1998年度後期基礎物理学研究所研究会「モンテカルロ法の新展開」,研究会報告)
• 3PA028 プロリンcis-trans異性化における自由エネルギー地形
• 2PA036 マルチカノニカル・分子動力学法によるペプチド(10残基程度)の水中構造サンプリング
• ペプチド・ターン構造の自由エネルギー・プロファイル
• 構造探索法によるEGFレセプターのフラグメントペプチドの立体構造予測
• 27a-Q-3 構造サンプリングによるタンパク質構造形成の解析
• 3P39 マルチカノニカルMD法による抗体CDR-H3ループの構造探索
• 1U07 分子動力学による核酸結合蛋白質周囲の水の挙動の解析 2
• 1P292 立体構造に基づくタンパク質と糖鎖の分子間相互作用の分類と解析(生命情報科学 A) 構造ゲノミクス))
• 1P138 1YA0945 Electronic structures of the novel [4Fe-4S] cluster in dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase(Electronic state,Early Research in Biophysics Award Candidate Presentations,Early Research in Biophysics Award,The 48th Annual Meeting o
• 2PA064 EGFレセプターのフラグメントペプチドの立体構造予測と検証
• 26pPSA-44 粗視化モデルと全原子モデルの連成計算(領域12ポスターセッション,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
• 30aPS-123 長距離相互作用を高速・高精度で行う新しい分子動力学法とその応用(30aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 2S1-6 統合DBのインパクトと将来への期待(2S1 動き出したライフサイエンス統合データベース,第46回日本生物物理学会年会)
• 20aPS-122 粗視化モデルを用いた全原子モデルの構造サンプリング効率化(20aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• ライフサイエンス分野の統合データベースについて(談話室)
• 25pPSB-43 MDにおける効率的静電相互作用計算(ポスターセッション,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
• 3P112 チトクロムc酸化酵素の新しいプロトン輸送機構への理論的アプローチ : heme aの酸化還元における電子構造とペプチドを介したプロトン移動の関係(電子状態,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2P317 光合成反応中心スペシャルペアカチオンラジカルのスピン密度分布に関する理論的研究(光生物学(光合成・視覚と光受容),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 1P118 A Computational Study of Monoamine Oxidase A Dynamics(Membrane proteins,Poster Presentations)
• 1P047 QM/MMシミュレーションによるPin1蛋白質のCis-Trans異性化酵素活性研究(蛋白質(機能),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 1P045 タンパク質-リガンド複合体予測構造の分子シミュレーションによる評価(蛋白質(機能),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 24pPSB-38 拡張相空間における不変量と体積保存積分を用いた分子動力学法(24pPSB 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• b)バックボーンデータベースの標準化: PDBj(2.バックボーンデータベースの課題と展望,バイオデータベースの今)
• 「物理学は越境する-ゲノムへの道-」, 和田昭允著, (岩波書店), 四六判, 252ページ, \1,890, 2005年8月23日
• PDBjの国際協力による登録作業と品質管理, ユーザサービス
• 3P116 Structural Fundamentals for Monoamine Oxidase A Inhibition Control Revealed by Molecular Dynamics Simulations
• 1P007 10残基から成るペプチドのマルチカノニカル分子動力学シミュレーションから得られた自由エネルギー地形とその補正法(蛋白質 A) 構造))
• 1P004 HERGイオンチャンネルの透過Brownian Dynamicsシミュレーション(蛋白質 A) 構造))
• 機能分散型生体高分子シミュレーション実行環境(HPC-2 : グリッド(1))(2004年並列/分散/協調処理に関する『青森』サマー・ワークショップ(SWoPP青森2004) : 研究会・連続同時開催)
• Aquaporin1 channel proteins : Hybrid-QM/MM Computer Simulation
• 3P277 光合成反応中心における初期電荷分離過程の理論解析(光生物 B) 光合成))
• 2SP6-01 序 : 原子構造から電子構造の解析へ(2SP6 生体高分子の電子構造解析 スーパーコンピューティングへ向けて,第47回日本生物物理学会年会)
• 抗体の進路経路の分岐(2)
• 抗体の進化経路の分岐(1)
• 27aP-1 マルチカノニカルWHAM法による活性化自由エネルギーの算出
• Protein Data BankのためのXML,PDB-ML,とそれを用いた検索システム
• バイオグリッドプロジェクト「スーパーコンピュータネットワークの構築」 : アカデミック分野での応用(グリッドコンピューティング)
• 1P048 Brownian Dynamicsシミュレーションソフトウェアの開発 : Kirチャネル分子における残基置換効果解明への応用(蛋白質 B) 構造・機能相関)
• 定量的なことと定性的なこと
• 属性付き法線ベクトルを用いた蛋白質分子表面比較方式
• 蛋白質における分子認識機構の構造科学
• 特集によせて(構造生物学)
• データベース構築と構造バイオインフォマティクス 蛋白質立体構造データベースの高度化--データ記述の標準化とその応用 (蛋白質ネットワークの構造生物学) -- (第2部 構造プロテオミクスにおける最新技術)
• 1D1430 Homologous Immunization および Heterologous Immunization により得られた触媒抗体の構造解析
• 2P097 Tsallis分布の変形を用いたMD法の開発(蛋白質 E) 計測・解析の方法論))
• 22pPSA-23 厳密な体積保存積分法の構成と分子動力学方程式への適用(領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 1P078 Tsallis Dynamicsの構造サンプリング性能の検証(蛋白質 E) 計測・解析の方法論)
• 3SA03 蛋白質立体構造データベースの標準化と高度化(生物情報データベースの高度化・標準化)
• 14aPS-94 Tsallis 統計を利用した状態サンプリング手法の発展(ポスターセッション, 領域 11)
• 25pGP-7 光化学系IIマンガンクラスターの電子構造の密度汎関数理論による研究(25pGP 領域12シンポジウム:光化学系IIにおける酸素発生中心,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 26pPSB-27 分子動力学方程式における新しい写像合成法による積分(26pPSB 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 22pZA-5 Tsallis 統計に基づく効率的サンプリングの検証
• 18pYE-7 一般化されたカノニカル分布の動力学法
• 2SB06 構造情報からの機能類推 (構造ゲノム科学の展望)
• PDBjの活動とNBDCおよびwwPDBとの連携(PDBj(日本蛋白質構造データバンク)の活動とデータベースおよびサービスの紹介)
• X線溶液散乱および分子動力学によるミオシンヘッドの構造変化
• 27aPS-20 Zero-dipole summation法の開発と分子系への適用(27aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 6pQC-10 Tsallis分布による効果的サンプリング手法(光物性・動力学,領域12)

もっと見る 閉じる

スポンサーリンク