2P099 ベンゼン分子のπ電子とH2O間相互作用のQM/MMシミュレーション(蛋白質 E) 計測・解析の方法論))
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
- 日本生物物理学会の論文
- 2005-10-19
著者
-
米澤 康滋
阪大蛋白研
-
中村 春木
NPO法人バイオグリッドセンター関西
-
高田 俊和
(独)理化学研究所
-
中村 春木
阪大・蛋白研:日本蛋白質構造データバンク
-
高田 俊和
NEC基礎・環境研究所
-
中村 春木
大阪大 蛋白質研
-
米澤 康滋
阪大・蛋白研
-
中田 一人
NECソフト
-
中村 春木
阪大・蛋白研
関連論文
- 23aPS-86 新しい和の原理に基づく静電相互作用エネルギーの算出(23aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 創薬バリューチェインのインシリコ技術を活用した阻害剤開発の試み
- 特集にあたって (特集 蛋白質動的構造の新しいパラダイム)
- 2P25 C-Myb R2R3の各種DNA配列に対する結合反応の熱力学的解析
- 1R14 原がん遺伝子産物c-MybとDNAとの複合体の動的構造
- 原がん遺伝子産物c-MybとDNAとの複合体の動的構造
- 特異的DNA認識におけるc-Myb R2の役割
- 蛋白質計算科学のさらなる発展を目指して--次世代スーパーコンピュータによるヘテロでダイナミックな蛋白質の電子構造解析
- 光合成反応中心スペシャルペアの電子非対称性の構造的起源 : 量子化学計算とバイオインフォマティクスによるアプローチ
- 創薬と計算化学
- タンパク質のネガティブデザイン
- 膜タンパク質の結晶化技術の新展開及び創薬バリューチェインの紹介(誌上シンポジウム)
- 2P036 X線結晶構造における生理学的接触と結晶学的接触の判別法の開発(蛋白質 B) 構造・機能相関))
- 静電ポテンシャルと分子表面形状による蛋白質のDNA結合能および結合部位の予測
- 1P270 抗体CDR-H3の構造分類(ゲノム生物学,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 座談会「計算工学の過去・現在・未来」?
- 構造ゲノム科学の展望
- 2P011 電子顕微鏡構造データブラウザ・EM Navigator(蛋白質(構造・構造機能相関),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 1P101 プロスタグランジンD_2合成酵素反応機構のモデル系に関する理論的研究(蛋白質 D) 機能(反応機構、生物活性など)))
- 3P356 生体高分子NMRデータベース : BMRBの新しいデータ登録ウェブサイト「ADIT-NMR」(その他,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 1C1800 プロテインデータバンクの阪大・蛋白研における登録・編集の開始
- 3P010 Evolutionary Trace法と表面の相補性を利用したタンパク質相互作用様式予測法の開発(蛋白質 A) 構造))
- 2PA053 DEEを利用した蛋白質変異設計プログラムshrike
- タンパク質構造と活性化合物評価 (分子標的薬開発への挑戦(第6回)立体構造に基盤をおいた創薬研究(1))
- 3P001 蛋白質モデリングによるin silicoスクリーニングにおけるdatabase enrichmentの変化(蛋白質 A) 構造))
- 2P099 ベンゼン分子のπ電子とH2O間相互作用のQM/MMシミュレーション(蛋白質 E) 計測・解析の方法論))
- 22aWB-9 アルファ/ベータ両方の二次構造要素を含む40残基蛋白質のフォールディングシミュレーション(22aWB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 2P098 QM/MM境界に化学結合が存在するQM/MMシミュレーションアルゴリズムの開発とその応用(蛋白質 E) 計測・解析の方法論))
- 3P094 Steered MD法を用いた蛋白質の大きな構造変化を伴うリガンドー蛋白質ドッキング(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)
- 1P081 QM/MMシミュレーションの開発と性能評価(蛋白質 E) 計測・解析の方法論)
- 日本国内におけるタンパク質立体構造データベースの管理・運営と高度化について(エコー)
- 20aPS-123 マルチカノニカル分子動力学法によるアミロイドペプチドの会合シミュレーション(20aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 1P047 蛋白質の高精度ループモデリング(蛋白質 B) 構造・機能相関)
- MHC-ペプチド複合体のpHに依存した構造安定性の解析
- QM/MMシミュレーションに関する新しい計算手法の開発
- 2P008 アルファとベータの二次構造を含む40残基の蛋白質H-NSのfolding simulation(蛋白質(構造・構造機能相関),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- ヘリックス中のβ-分岐アミノ酸の役割
- 蛋白質の構造変化を考慮したリガンド-蛋白質ドッキングに向けた新手法の開発
- 蛋白質の静電場に関する諸問題
- 分子グラフィクスの生物物理への応用
- 3P070ウシロドプシンの細胞質側第3ループの構造モデリング
- 1J1345 β-ヘアピンペプチドのフォールディングシミュレーション(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
- 1J1400 自由エネルギー地形からみたヘリカルペプチドのフォールディング・アンフォールディング機構(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
- オーバービュー:タンパク3000プロジェクトの進展と世界の潮流 (特集 構造ゲノムプロジェクトの進展)
- 蛋白質立体構造のデータベースと特許をめぐる動き
- 1P028ヘリカルペプチドの水中におけるエネルギー地形
- 1P026エネルギー地形からみたβ-ヘアピンペプチドのフォールディング、アンフォールディング機構
- 3C1330 抗NP抗体B2のCDR-H3ループの真空中と水中における構造比較
- 3A1615 multicanonical WHAM法によるドッキング・シミュレーション
- 1C0900 ペプチド自由エネルギー地形の量子化学計算による補正
- 分子薬物相互作用のシミュレーションとstructure-based drug design (バーチャルヒューマン)
- タンパク質立体構造データベースの高度化： PDBj
- 研究室紹介 構造バイオインフォーマティクス:生命科学と計算科学の融合
- 2P060Tsallis統計の変数qを変動させる構造探索
- S08I2 Functional Annotation Sequence-weighted Structure Alignments(Bioinformatics in the Era of Structural Proteomics)
- 3P272 蛋白質分子表面上の物理化学的性質、形状を用いた蛋白質問相互作用の予測法の開発(生命情報科学 A) 構造ゲノミクス)
- 3H1045 蛋白質分子活性部位の表面形状と物性に関するデータベース(eF-site/ActiveSite)の構築
- 1P138 1YA0945 Electronic structures of the novel [4Fe-4S] cluster in dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase(Electronic state,Early Research in Biophysics Award Candidate Presentations,Early Research in Biophysics Award,The 48th Annual Meeting o
- 2PA064 EGFレセプターのフラグメントペプチドの立体構造予測と検証
- 26pPSA-44 粗視化モデルと全原子モデルの連成計算(領域12ポスターセッション,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
- 30aPS-123 長距離相互作用を高速・高精度で行う新しい分子動力学法とその応用(30aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 2S1-6 統合DBのインパクトと将来への期待(2S1 動き出したライフサイエンス統合データベース,第46回日本生物物理学会年会)
- 20aPS-122 粗視化モデルを用いた全原子モデルの構造サンプリング効率化(20aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- ライフサイエンス分野の統合データベースについて(談話室)
- 25pPSB-43 MDにおける効率的静電相互作用計算(ポスターセッション,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
- 3P112 チトクロムc酸化酵素の新しいプロトン輸送機構への理論的アプローチ : heme aの酸化還元における電子構造とペプチドを介したプロトン移動の関係(電子状態,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 2P317 光合成反応中心スペシャルペアカチオンラジカルのスピン密度分布に関する理論的研究(光生物学(光合成・視覚と光受容),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 1P118 A Computational Study of Monoamine Oxidase A Dynamics(Membrane proteins,Poster Presentations)
- 1P047 QM/MMシミュレーションによるPin1蛋白質のCis-Trans異性化酵素活性研究(蛋白質(機能),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 1P045 タンパク質-リガンド複合体予測構造の分子シミュレーションによる評価(蛋白質(機能),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 24pPSB-38 拡張相空間における不変量と体積保存積分を用いた分子動力学法(24pPSB 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- b)バックボーンデータベースの標準化: PDBj(2.バックボーンデータベースの課題と展望,バイオデータベースの今)
- 「物理学は越境する-ゲノムへの道-」, 和田昭允著, (岩波書店), 四六判, 252ページ, \1,890, 2005年8月23日
- PDBjの国際協力による登録作業と品質管理, ユーザサービス
- 3P116 Structural Fundamentals for Monoamine Oxidase A Inhibition Control Revealed by Molecular Dynamics Simulations
- 1P007 10残基から成るペプチドのマルチカノニカル分子動力学シミュレーションから得られた自由エネルギー地形とその補正法(蛋白質 A) 構造))
- 1P004 HERGイオンチャンネルの透過Brownian Dynamicsシミュレーション(蛋白質 A) 構造))
- 機能分散型生体高分子シミュレーション実行環境(HPC-2 : グリッド(1))(2004年並列/分散/協調処理に関する『青森』サマー・ワークショップ(SWoPP青森2004) : 研究会・連続同時開催)
- Aquaporin1 channel proteins : Hybrid-QM/MM Computer Simulation
- 3P277 光合成反応中心における初期電荷分離過程の理論解析(光生物 B) 光合成))
- 並列コンピュータの発達と計算化学--バーチャルマイクロスコープの開発を目指して (高精度分子設計と新素材開発--機能化学の新展開をめざして) -- (分子設計から材料設計へ)
- バーチャルマイクロスコープのワークステーションクラスタによる高速実装
- 非経験的分子軌道法プログラム(AMOSS)の並列化
- 2SP6-01 序 : 原子構造から電子構造の解析へ(2SP6 生体高分子の電子構造解析 スーパーコンピューティングへ向けて,第47回日本生物物理学会年会)
- 3K1015 生体分子のシミュレーション : MD及びQM/MM計算(1.蛋白質(B)構造・機能相関,一般講演,日本生物物理学会第40回年会)
- Protein Data BankのためのXML,PDB-ML,とそれを用いた検索システム
- バイオグリッドプロジェクト「スーパーコンピュータネットワークの構築」 : アカデミック分野での応用(グリッドコンピューティング)
- 1P048 Brownian Dynamicsシミュレーションソフトウェアの開発 : Kirチャネル分子における残基置換効果解明への応用(蛋白質 B) 構造・機能相関)
- 定量的なことと定性的なこと
- 属性付き法線ベクトルを用いた蛋白質分子表面比較方式
- 1D1430 Homologous Immunization および Heterologous Immunization により得られた触媒抗体の構造解析
- 蛋白質を計算機で実験する : 電子状態理論から立体構造シミュレーションまで
- 企業研究におけるシミュレーションの役割と条件 : 新薬開発を事例として(ラボラトリー)
- アプリケーションプログラム開発における新しい潮流 : download(取得型)からupload(参加型)への移行を目指して
- 静電場トポロジーによる新しいグラフィックスと化学反応への応用
- クラス分けされた流線による分子近傍の静電場の描画方法
- 4.化学分野におけるスーパーコンピューティング (最先端の科学技術とスーパーコンピューティング)
- ab initio計算のプログラムJAMOL2の設計
- 情報としてのシミュレーションの価値(フェロー)
- 27a-EA-3 ラマン分光法と構造エネルギー計算によるDNAの構造解析(生体物理)