属性付き法線ベクトルを用いた蛋白質分子表面比較方式
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概要
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近年, 蛋白質の機能の多くはその局所的な分子表面(活性部位)における形状や物性によって決定されることが明らかになってきた.このような背景から, 機能未知な蛋白質の分子表面を入力とし, 機能既知の活性部位をテンプレートとして比較することで, 機能予測を行うシステムを開発している.分子表面データは数万個の頂点で構成されているため, 単純に全頂点を使って位置合わせを行うと計算量が膨大になる.そこで本論文では, 分子表面上の突起や窪みに着目して, その曲面の法線ベクトルに曲率や物性の情報を付加した属性付き法線ベクトルを導出し, 効率的にマッチングする方法を提案する.また, 相対位置関係と属性が類似しているベクトル組のみを抽出することで効率化を図る.本手法を抗体蛋白質6組に適用した結果, 分子表面の比較に要する時間は平均約3分となった.また, 抗体蛋白質103個を用いた機能予測に適用した結果, 95.2%の機能予測精度が得られた.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2002-01-15
著者
-
中村 春木
大阪大 蛋白質研
-
中村 春木
大阪大学蛋白質研究所附属生体分子解析センター
-
兼田 佳和
大阪大学大学院情報科学研究科
-
大川 剛直
大阪大学大学院情報科学研究科
-
中村 春木
大阪大学蛋白質研究所
-
庄治 範匡
大阪大学大学院工学研究科
-
中村 春木
大阪大学蛋白研究所
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