細菌群集構造解析のための植物根からの迅速かつ簡便なDNA抽出法
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概要
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植物根から迅速・簡便かつ安価にDNAを抽出する手法として,ガラスビーズで細胞破砕を行うビーズ法が適当であるか,またビーズ法で抽出されたDNAが細菌の16S rDNAのPCR-DGGE解析による細菌群集構造解析に供試可能かどうかを検討した。また,ビーズ法と他のDNA抽出法について,抽出DNA量やDGGEパターンの比較を行った。その結果,約5mmに切断した根を0.1gビーズ法に供試することで,根に生息する細菌のDNA抽出およびDGGEパターンを得ることは十分に可能であった。ビーズ法とCTAB法およびDNA抽出キットを用いてDNA抽出を行ったところ,抽出DNA量はビーズ法を用いた場合が最も多く,DGGEパターンはDNA抽出法による大きな違いは見られなかった。以上の結果から,ビーズ法が細菌群集構造解析のための植物根からの迅速かつ簡便なDNA抽出法として適していると考えられた。
- 2008-10-30
著者
-
堀 兼明
農研機構近中四農研
-
堀 兼明
近畿中国四国農業研究センター
-
堀 兼明
農業技術研究機構近畿中国四国農業研究センター野菜部
-
豊田 剛己
東京農工大
-
福永 亜矢子
近畿中国四国農業研究センター
-
池田 順一
近畿中国四国農業研究センター
-
小森 冴香
近畿中国四国農業研究センター
-
須賀 有子
近畿中国四国農業研究センター
-
須賀 有子
(独)農業・生物系特定産業技術研究機構近畿中国四国農業研究センター野菜部
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