マルチプレックスSNP(一塩基多型)分析を用いたマツ材線虫病抵抗性クロマツのクローン識別
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概要
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DNA塩基配列上の一塩基多型を利用したSNP (single nucleotide polymorphism)分析によるマツノザイセンテュウ抵抗性クロマツのクローン識別を試みた。まず,maritime pineのEST (expressed sequence tag)塩基配列情報を基に,本研究において新たに設計した2対のPCRプライマーで増幅される2DNA領域について全16抵抗性クローンの塩基配列を決定した。その結果,これらのDNA領城中に合計20個のSNPが存在することが明らかとなった。このうちから16クローンすべてを識別するのに有効な9サイトを選定し,プライマー伸長法と蛍光法を組み合わせたSNPダイビングを行った。さらに,2対のPCRプライマーによるマルチプレックスPCRと9種類のSNPマーカーのマルチプレックスタイピングによる識別作業の効率化を行った。また,同一クローンで複数ラメートを使用し,再現性について検討したところ,常に安定したSNPタイプが得られ,信頼性のきわめて高いクローン管理が可能となった。
- 2008-04-01
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