EM法を用いた太古のDNA修復タンパク質RecAの推定(機械学習によるバイオデータマイニング)
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概要
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DNAが紫外線等で損傷した場合,それを修復するのに中心的役割を担うRecAタンパク質が存在する.太古の地球は現在よりも強い電磁波を浴びていたので,過去のRecAタンパク質の方が現在よりも修復活性が強かったのではないかと考えられる.そこで,現在の微生物のRecAタンパク質のアミノ酸配列を比較することで過去のタンパク質の推定を行なわれている.MCMC法を用いて,子配列となる複数のアミノ酸配列のグループ化を行い,各グループの多数決により,親配列を推定する手法が提案されている.シミュレーションを行なった結果,十分な精度が得られなかった.これは子配列のグループ化が不十分なためと考えられる.そのため本問題に適した新たなモデルを構築し,EM法を用いて解くことを提案する.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2006-06-15
著者
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