動的計画法を応用したマルチプルアライメントとその改良
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概要
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アライメントは生物種のアミノ酸配列を比較する上で最も重要な操作である. 動的計画法を応用したアライメントの計算量は配列の長さをL配列の本数をNとしたときにO(L^N)となり, Nの増加に伴ってばく大な数になる. しかし, 得られる解はほとんどが動的計画法における格子点グラフの対角線近傍であり, 対角線から遠い格子点にパスが通ることはほとんどあり得ない. 本論文ではアライメントの解におけるギャップ(アミノ酸の欠落)の個数の予測を行い, それを利用することにより対角線の近傍以外の格子点の削除を行いアライメントの計算効率を向上させる方法を述べる.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 1997-04-25
著者
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