レプリカ交換分子動力学シミュレータREMD Toolkitのグリッド上での実行(HPC-3 : 科学技術計算)(2003年並列/分散/協調処理に関する『松江』サマー・ワークショップ(SWoPP松江2003))
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概要
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レプリカ交換法は,問題の粒度が大きく,計算機間のデータの通信量が少ないため,グリッドシステム上での計算に向いていると考えられている.しかし,実際にレプリカ交換法のアルゴリズムを実装したプログラムをグリッドシステム上で実行した場合の性能は明らかになっていない.われわれは,レプリカ交換法システムREMD Toolkit をさまざまな環境下で実行し,実行性能を測定した.さらにREMD toolkit に対して性能ヘテロな環境での実行を考慮した改良を加えた.この結果,1)REMDツールキットは100台規模まで十分にスケールすること,2)性能ヘテロに対応した改良版では性能ヘテロな環境で有効であることを確認した.
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2003-08-04
著者
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