Ninf-1/Ninf-Gを用いたNMR蛋白質立体構造決定のための遺伝アルゴリズムのグリッド化(グリッドアプリケーション)
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概要
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本論文では, Onoらが提案したNMR蛋白質立体構造決定のための遺伝アルゴリズム(GA)を, 複数のWAN上のPCクラスタ群から構成されるグリッド上で並列化したシステムを提案し, 提案システムの性能評価を行った結果を報告する.提案システムは, マスタ, サブマスタ, ワーカから構成される階層的なマスタ・ワーカ方式を用いて並列化されている.マスタと各PCクラスタ間の通信はセキュアなGridRPCミドルウェアNinf-Gを用いて, また, PCクラスタ内の通信は高速なGridRPCミドルウェアNinf-1を用いて実現されている.さらに, 提案システムでは, Ninf-Gによるインターネット上の通信遅延を隠蔽するため, スライド転送手法を導入している.5サイト/1,196 CPUから構成されるグリッドテストベッドで, 78残基からなる蛋白質の立体構造決定問題を用いて, 提案システムの性能評価を行った結果, 高い並列化効率を示すことが確認された.
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2005-08-15
著者
-
松岡 聡
国立情報学研究所
-
松岡 聡
東京工業大学
-
関口 智嗣
産業技術総合研究所
-
小野 功
東京工業大学
-
小野 典彦
徳島大学工学部
-
楯 真一
生物分子工学研究所・構造解析
-
楯 真一
生物分子工学研究所
-
水口 尚亮
徳島大学
-
中島 直敏
東京工業大学
-
中田 秀基
東京工業大学
-
関口 智嗣
産業技術総合研
-
関口 智嗣
産業技術総合研究所グリッド研究センター
-
中田 秀基
電総研
-
小野 典彦
徳島大学
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