グリッド向け実行環境Jojoを用いた遺伝的アルゴリズムによる蛋白質構造決定

概要

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Javaはグリッド上でのプログラミング言語として、1)クラスファイルのポータビリティによりアーキテクチャヘテロな環境への対応が容易、2)マルチスレッドによるレイテンシの隠蔽が期待できる、などの点で有望である。また、遺伝的アルゴリズムは実問題に応用範囲が広く、並列化や実行粒度の調節が容易なことから、グリッド上のアプリケーションとして適していると考えられる。われわれはこれらの点に着目し、Javaによる遺伝的アルゴリズム実行支援環境jPop-GAの開発をすすめている。しかし、グリッド上で遺伝的アルゴリズムの効率的な実行を可能にする並列化方式については指針を欠いていた。本稿では、遺伝的アルゴリズムのグリッド上での並列化に関する指針を得るべく、実アプリケーションである遺伝的アルゴリズムによる核磁気共鳴分光法による蛋白質構造解析をJavaで実験し、これをJava向けグリッド実行環境Jojoを用い、2つの並列化指針に基づいて並列化した。さらにそれぞれの実装に対して問題サイズを変えて評価を行い並列化手法に関する指針を得た。
2003-03-11