Jojoによる遺伝的プログラミングの並列化(グリッド応用)

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概要

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遺伝子間相互作用ネットワーク推定問題とは,遺伝子の発現量データ系列から複数の遺伝子間における制御関係を推測するものである.この相互関係は,非線形連立微分方程式によって表現される.これまで,遺伝子間相互作用ネットワーク推定は,S-system表記の微分方程式を用いたものが一般的であったが,S-system表記の微分方程式は質量作用則表記の近似式であり,遺伝子間の具体的な相互関係を推定することが困難であった.本稿では,質量作用則に基づいた非線形連立微分方程式表記を採用し,進化的計算の一手法である遺伝的プログラミングを用いて,データ系列から相互作用を示す関数を自動推定するシステムを設計・実装した.このシステムより,与えたデータ系列を再現する微分方程式を得ることができた.また,グリッド環境でJavaプログラミングを支援する並列実行環境Jojoを用いて並列化し,実行時間を短縮することができた.
2004-03-01

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