蛋白質立体構造の進化的解析のためのNinf版並列MGGとその性能評価
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概要
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核磁気共鳴法(NMR)は,ポストシーケンスにおける最重要課題の一つである蛋白質立休構造解析の有望な手段である.しかし,専門家でさえ一つの蛋白質のデータ解析に数ヶ月程度の試行錯誤が必要なことが深刻な問題となっている.これに対し,小野らは遺伝的アルゴリズム(CA)に基づくデータ解析の自動化手法を提案し,小規模な問題において比較的良好な性能を得られたと報告している.本報告では,本手法を高速化するために,産総研が提案しているミドルウェアNinfを用いて,GAの世代交代モデルMinimal Generation Gapの並列化実装を行い,評価実験によりその動作検証および性能評価を行う.
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2003-03-11
著者
-
松岡 聡
国立情報学研究所
-
松岡 聡
東京工業大学
-
関口 智嗣
産業技術総合研究所
-
小野 功
東京工業大学
-
小野 功
徳島大学工学部
-
小野 典彦
徳島大学工学部
-
楯 真一
生物分子工学研究所
-
今出 広明
産業技術総合研究所
-
楯 真一
生物分子研究所
-
関口 智嗣
産業技術総合研
-
関口 智嗣
産業技術総合研究所グリッド研究センター
-
小野 功
徳島大学 工学部
-
小野 典彦
徳島大学
-
今出 広明
産業技術総合研究所:東京工業大学
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