ネットワーク並列構築を適用したBOAによる蛋白質構造予測(科学技術計算, 「ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価」に関する北海道ワークショップ(HOKKE-2005))
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概要
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Bayesian optimization algorithm(BOA)は現在の集団分布を推定したベイジアンネットワークによる確率モデルを構築し, 得られたモデルに基づいて次世代集団を形成することで探索を行う最適化アルゴリズムであり, 適切な符号化が保証されないGA困難な問題においても解を求めることができる. しかし, この分布推定にかかる計算コストは問題サイズに依存しており, 問題サイズの増加に対して計算コストが大きく増加することが知られている. これまでの研究では, 生成される確率ネットワークの品質を下げずに並列構築する手法を提案してきた. 本研究では, このネットワーク並列構築に基づく並列BOAを用いて構造エネルギー最小化問題を解くことで, 蛋白質の立体構造予測問を解決し, 提案手法の有効性について検証する.
- 2005-03-07
著者
-
村尾 直哉
北海道大学工学研究科 システム情報工学専攻
-
棟朝 雅晴
北海道大学情報基盤センター 大規模計算システム研究部門
-
赤間 清
北海道大学情報基盤センター 大規模計算システム研究部門
-
赤間 清
北海道大学
-
棟朝 雅晴
北海道大学
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