蛋白質-化合物複合体立体構造データに基づく類似相互作用蛋白質の検索方式(バイオインフォマティックス, <特集>第11回MPSシンポジウム: 複雑系の科学とその応用)
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概要
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蛋白質の機能解明に向けて, 相互作用部位の立体構造が類似する部分構造を持つ蛋白質の検索が重要な役割を果たす.このとき, 同様の相互作用が厳密に同一の原子配置によってのみ行われるわけではないため, 入力となる相互作用部位立体構造データをそのまま検索のクエリに用いると類似構造の発見が困難になる.そこで本研究では, 空間上で近接しており物性の類似する原子をグループ化することによって入力データを抽象化し, 抽象化したデータを用いて類似構造の探索を行う方式を提案する.提案した方式を, 化合物GDP, NADP, FMNに結合する蛋白質1i4d, 1nvt, 1um0を入力として, 同じ化合物に結合する複数の立体構造データに適用した結果, 類似の相互作用部位を検出し, また, グループ化を行わない手法に比べ誤り部位の検出数を抑えることができ, その有効性が確認された.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2006-02-15
著者
-
大川 剛直
神戸大学大学院工学研究科情報知能学専攻
-
大川 剛直
神戸大学大学院 工学研究科
-
中江 達哉
大阪大学大学院情報科学研究科
-
野々村 祐介
大阪大学大学院情報科学研究科
-
吉野 公一
大阪大学大学院情報科学研究科
-
野々村 祐介
大阪大学大学院情報科学研究科:(現)日産自動車株式会社
-
大川 剛直
神戸大学大学院システム情報学研究科
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