座標基準点探索による蛋白質相互作用プロファイルの抽出(DNA・タンパク質構造)

概要

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蛋白質の機能は,相互作用部位と呼ばれる局所的部位の立体構造と密接に関係し,相互作用部位の立体構造に類似した蛋白質はしばしば同様の相互作用を示す.蛋白質の相互作用部位の特定は蛋白質の機能解析に有効である.そこで,同一化合物と結合する相互作用部位に共通する特徴をプロファイルとして定義し,これをクエリとした類似した相互作用を示す可能性がある蛋白質を検索する手法が提案されている.プロファイルは,相互作用部位を同一空間上で重ね合わせることにより生成されるが,このとき,どのような相互作用部位立体構造の組み合わせを空間上に重ね合わせるかによって,結果として抽出されるプロファイルも変化する.つまり,プロファイルを抽出するには,立体構造が類似した蛋白質の相互作用部位の組み合わせを選択的に求め,重なり方が最大となるものを得ることが必要となる.そこで,本研究では,複数の相互作用部位の組み合わせを探索することで,プロファイルの自動抽出を目指す,座標基準点探索を用いたプロファイル自動抽出方式を提案する.相互作用部位の組み合わせの発見に対しては,初期処理で得られる2つの相互作用部位を重ね合わせることから生成されるプロファイルを探索出発点として,クラスタリングに基づく方法で実現する.また,相互作用部位群の重ね合わせの発見に対しては,クラスタリングの処理で得られる相互作用部位群の重なり方を用いることで,初期の探索出発点に対する依存性を軽減し,相互作用部位群を対象とした座標基準点探索を実現する.実験により,相互作用部位の組み合わせの探索が適切に行われ,また,設定した評価基準に基づいてより良いプロファイルを抽出でき,提案手法の有用性を確認した.
2006-09-15

座標基準点探索による蛋白質相互作用プロファイルの抽出(DNA・タンパク質構造)

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