蛋白質-化合物複合体の相互作用部位プロファイルを用いた類似相互作用蛋白質検索方式(Sequence & structure analysis)
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概要
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蛋白質-化合物複合体の相互作用部位には、化合物との結合に関して特徴的な原子配置が存在する。そこで、同一の化合物に結合する複数の相互作用部位から、化合物と結合する相互作用原子の特徴を抽出し、類似構造を検索することを考える。このとき、化合物と直接結合する原子の特徴だけで相互作用部位全体の特徴を表現することは困難である。そこで本研究では相互作用部位全体の特徴として相互作用原子の特徴、結合化合物原子の特徴、相互作用原子の配置に影響を与える原子の特徴の3つをプロファイルとして抽出し、プロファイルをクエリーとした類似構造探索を行うことで、類似相互作用蛋白質を検索する方式を提案する。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2005-12-22
著者
-
大川 剛直
神戸大学大学院工学研究科情報知能学専攻
-
大川 剛直
神戸大学大学院 工学研究科
-
吉野 公一
大阪大学大学院情報科学研究科
-
大川 剛直
神戸大学大学院システム情報学研究科
-
吉野 公一
大阪大学
-
大川 剛直
神戸大学 大学院 自然科学研究科
-
大川 剛直
神戸大学
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