ゲノムスキャニング2次元電気泳動像解析のためのスポット検出とパターン照合

概要

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ゲノム解析は、現在世界的な規模で精力的に進められており、中でも、ゲノムマッピングの高速化技術の開発は、重要なテーマの一つである。現在すでに実用に供しているゲノムDNA解析システムがあるが、その電気泳動像の画像解析は、サザン法やPCR(Poly-merase Chain Reaction)法などに基づくものであり、原理的に1次元の信号処理を行っているので、サイズの大きいゲノムに対して解析の高速化は期待できない。そこで、近年、林崎が中心となってゲノムスキャニングの画期的な方法、RLGS(Restriction Landmark Genomic Scanning)法が開発され、2000〜3000の多数の座位について一度にスキャニングすることができ、複数のゲノムDNAに適用して、欠失・増幅・転座などの変化を検出できる可能性が見出された。これは、まず、ゲノムDNAを制限酵素で切断し、その末端をラジオアイソトープで直接放射標識した後、それを2次元電気泳動法で展開・分類し、オートラジオグラフィを行う方法である。ところが、オートラジオグラフィで得られたX線フィルム上の数千のスポットを読みとる作業は現在、人手で目視に頼っているため、読みとり速度は遅く、人為的なミスも入る。そこで、RLGSパターンの高速自動解析システムの開発を目指して、RLGSパターンの画像処理における基本的課題およびユーザインタフェースについて検討を行った。
一般社団法人情報処理学会の論文
1995-09-20

ゲノムスキャニング2次元電気泳動像解析のためのスポット検出とパターン照合

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