AMBERの残基データベースへの新規残基追加支援システム開発
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概要
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AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) は生体関連分子のシミュレーションに適しているが、AMBER内の残基データベースに登録されていない新規残基部位を有するDNA分子などのシミュレーションを行うためには、モジュールのひとつであるPREPを用いて新規に登録しておかなければならない。しかし、その入力ファイルの形式は繁雑であるため、手作業にて作成するのは容易ではない。そこで本研究では、これまで開発してきた"Modrast-P"を機能拡張し、視覚的に確認しながら対話的にPREP入力ファイルを作成する機能を追加した。これにより、簡便かつ効率的にPREP入力ファイルが作成可能となった。
- 日本コンピュータ化学会の論文
- 2003-12-15
著者
-
山名 一成
姫路工業大学大学院工学研究科物質系工学専攻
-
林 治尚
兵庫県大院・工
-
佐々 和洋
兵庫県大院・工
-
宇野 健
県立広島大学経営情報学部経営情報学科
-
中野 英彦
兵庫県立大学大学院工学研究科
-
宇野 健
広島県立大学経営学部経営情報学科
-
佐々 和洋
姫路工業大学大学院工学研究科物質系工学専攻
-
林 治尚
姫路工業大学大学院工学研究科物質系工学専攻
-
中野 英彦
姫路工業大学大学院工学研究科物質系工学専攻
-
山名 一成
兵庫県立大学大学院工学研究科物質系工学専攻
-
中野 英彦
姫路工業大学大学院工学研究科
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