パイプライン化ア***ロセッサによるSmith-Watermanアルゴリズムの高速化(信頼性/プロセッサ/高位設計,物理設計及び一般)
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概要
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Smith-Watermanアルゴリズムは、バイオインフォマティクス分野のシーケンスアライメントを行うアルゴリズムとして広く使用されている。本稿では、Smith-Watermanアルゴリズムの高速化を狙いとして、Processing Element (PE)を複数用い、それらをパイプライン動作させる一次元ア***ロセッサを提案する。本ア***ロセッサは、PEを増やすだけで、長いシーケンスにも対応できる拡張性を有している。また、提案ア***ロセッサを、FPGAにマッピングし、実行速度と回路規模の評価も行ったので、あわせて報告する。
- 2011-09-19
著者
-
宮崎 敏明
会津大学大学院コンピュータ理工学研究科
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宮崎 敏明
会津大学コンピュータ理工学部
-
石川 淑
会津大学コンピュータ理工学部
-
田中 飛鳥
会津大学コンピュータ理工学部
-
田中 飛鳥
会津大学大学院コンピュータ理工学研究科
-
石川 淑
会津大学大学院コンピュータ理工学研究科
-
田中 飛鳥
広島大学消化器外科
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