高速モチーフ探索を目指したGibbs Sampiing法のFPGAによる実装(アプリケーション2,FPGA応用及び一般)
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概要
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遺伝子を構成する複数の塩基配列から,共通のモチーフ(小さな部分配列)を探索することは,バイオインフォマティクス分野で強く求められ,幾つかの手法が提案されている.筆者らは,その手法の一つとしてよく知られたGibbs sampling法のハードウェアによる高速化を目指し,最適なモチーフを検出するための評価値の計算方法を再考した.また,その結果を元に,FPGAに実装する事を試みた.本稿では,そのアーキテクチャの概要を示し,現状を報告する.
- 2009-01-22
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