機械学習によるタンパク質のO型糖鎖修飾部位の予測とその機能の考察(知的システム,一般)
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
哺乳類タンパク質の主要な翻訳後修飾である糖鎖修飾のうち,機構の詳細が未解明であるO型糖鎖修飾を対象として,機械学習により修飾部位の予測を行った.タンパク質配列データベースUniProtから得た実験的知見を元に,サポートベクターマシンを用いて,セリンやトレオニン部位に対する修飾の有無を予測する.本報告では特に,アミノ酸配列上での修飾部位の分布の偏りに着目し,修飾部位を二つのタイプに分類し,個別に予測器を構築した.その結果,予測精度が84.3%まで向上し,また,修飾に寄与する要因が両タイプで異なることが分かった.さらに,タンパク質天然変性領域との関係を統計的に解析し,O型糖鎖修飾が果たす役割を考察した.
- 2011-07-18
著者
-
西川 郁子
立命館大学
-
西川 建
前橋工科大学
-
西川 郁子
立命館大学情報理工学部
-
伊藤 將弘
立命館大学生命科学部
-
NISHIKAWA Ikuko
College of Information Science and Engineering, Ritsumeikan University
-
西川 郁子
立命館大
-
西川 郁子
立命館大学情報理工学部知能情報学科
-
伊藤 將弘
立命館大学
-
伊藤 將弘
立命館大学生命科学部生命情報学科
-
本間 桂一
国立遺伝学研究所生命情報・ddbj研究センター
-
福地 佐斗志
前橋工科大学工学部生命情報学科
関連論文
- 地産地消型電力ネットワークの為の Natural Actor-Critic を用いた自動取引エージェントの構築
- カイコガ前運動中枢のモデル化とシミュレーション
- 1ZC-1 質量分析データからの糖脂質構造予測ソフトウェアの開発(バイオ情報学と医用画像,学生セッション,コンピュータと人間社会)
- 1R1615 Orthologous遺伝子位置に基づくゲノム構造の巨視的比較-II : 極値分布による類似性評価とweb siteの構築(22.生命情報科学,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
- 天然変性タンパク質とは何か?
- タンパク質のドメイン構成の情報から作成したゲノムの樹(トピックス)
- 1P233 代謝系における触媒ドメインを複数持つ酵素の位置づけ(生命情報科学(構造・機能・比較ゲノミクス),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 27aTH-10 Wang-Landau MDによるタンパク質の低エネルギー構造空間の効率的探索(27aTH 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 長大な不規則領域をもつ蛋白質--ヒト転写因子を例として
- 使ってみよう!バイオデータベース(5)Protein Data Bank(PDB)
- 3P305 真核生物転写因子の比較ゲノム解析(生命情報科学 C) 比較ゲノミクス))
- 1P282 タンパク質の1次元構造予測法の改良(生命情報科学 A) 構造ゲノミクス))
- 3P289 自動判定法による転写因子の網羅的同定と比較ゲノム解析(生命情報科学 C) 比較ゲノミクス)
- 3P267 タンパク質の一次元情報から天然構造を再現する(生命情報科学 A) 構造ゲノミクス)
- 2P039 Wang-Landau MDを用いたタンパク質の構造空間探索(蛋白質 A) 構造)
- 30aWE-3 Wang Landau法を組み込んだマルチカノニカルMDの試み(生物理一般)(領域12)
- タンパク質から見た極限微生物の環境適応戦略
- バイオインフォマティクス解析システム 蛋白質構造解析プログラム・データベース (バイオ高性能機器・新技術利用マニュアル) -- (生体高分子の包括的解析のためのシステム)
- 好熱菌遺伝子の塩基組成の偏りとアミノ酸組成への影響
- タンパク質立体構造の高精度モデリングに向けて : 力場の改善
- タンパク質の天然構造近傍におけるレプリカ交換MD計算
- 29pZD-4 立体障害を緩和した MD シミュレーションによるタンパク質立体構造の最適化
- 1J0930 高精度モデリングによるタンパク質の立体構造予測(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
- 1R1600 好塩菌タンパク質のタンパク質表面における特徴とゲノムによる引きずり効果(22.生命情報科学,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
- ミトコンドリア蛋白質は天然変性領域をもつか?
- 植物転写因子のゲノム情報解析
- スジエビPalaemon Paucidensのセレブロシド
- ホタテガイPatinopecten yessoensisのホスホノ脂質の構造解析
- 食用キノコのスフィンゴ脂質 : III. オオヒラタケ Pleurotus cystidiosus のマイコグリコリピドにおけるヒラタケ属共通の多分岐型糖鎖構造
- エチゼンクラゲ, Stomolophus nomurai 傘部の Ceramide 2-Aminoethylphosphonate について
- カタユウレイボヤ Ciona intestinalis (脊索動物)のスルファチド
- AGV経路計画のための交渉ルールの遺伝的機械学習に基づく獲得
- 交通信号機群の広域制御に対する位相振動子系の相互作用関数の検討
- 2C4-4 交通信号機群制御に対する制御パラメータの階層的決定(2C4 OS:ニューラルネットワーク)
- 交通信号機群に対する流量フィードバックによる動的制御
- D-16-2 肺癌の早期診断支援(CAD)システムの構築(D-16.医用画像,一般セッション)
- 配送計画問題に対する分散型メタヒューリスティクスの構成
- 振動同期を用いた交通信号機制御法について
- D-16-6 マルチスケールフィルタを用いたCT画像から結節状陰影の強調(D-16. 医用画像,一般セッション)
- Phase Synchronization in Phase Oscillators and a Complex-Valued Neural Network and Its Applications to Traffic Flow Control(Oscillation, Chaos and Network Dynamics in Nonlinear Science)
- 統計的価値関数による強化学習とゲーム戦略獲得ヘの適用
- 位相モデルによる信号機広域制御ダイナミクスの提案
- IJCNN02参加報告
- 行動ネットワークのHebb型学習による自律ロボットの行動獲得
- 自己組織化マップを用いた蝶類標本画像データベースの構築(SOMとその応用)
- 進化型多目的最適化の一手法 : Multiple Coding GA
- ニューラルネットワークの確率的学習則と自律移動ロボットの行動獲得への適用
- 高分子にみる自己組織化システム
- プラスチック射出成型工程スケジューリング問題に対する遺伝的アルゴリズム
- ホップフィールド・ニューラル・ネットワークを用いた生産プロセスのライン・バランシングに関する研究
- ニューラルネットワークを用いた納期余裕予測によるジョブ・ショップ・スケジューリング
- ニューラルネットワークを用いた納期余裕予測によるジョブ・ショップ・スケジューリング
- 遺伝アルゴリズムを用いたラインバランシングに関する研究(遺伝的アルゴリズム)
- オンライン ・ スケジューリングの方法論
- オンライン ・ スケジューリングの方法論
- 自己組織化の数理
- 配送計画問題に対する解空間の分解に基づく分散型メタヒューリスティック解法
- 配送計画問題に対する探索空間の分割に基づく分散型探索アルゴリズムの構成
- Pickup and Delivery 問題の数理計画モデルと遺伝的アルゴリズムに基づく解法
- 線虫Caenorhabditis elegansとCaenorhabditis briggsaeの幼虫第1期におけるタンパク質発現比較プロファイル解析
- 線虫Caenorhabditis elegansの極初期胚における等時間間隔の定量的プロテオーム解析
- NIRSを用いた基礎的なドラム演奏時における熟達者-非熟達者間の脳活動比較(BCI/BMIその周辺,一般)
- G-006 超高速ネットワークシミュレータで用いる線虫の遺伝子調節ネットワークの記述(生体情報科学,一般論文)
- 5ZJ-5 線虫の初期発生における遺伝子発現のクラスタリング解析(バイオ情報学,学生セッション,コンピュータと人間社会)
- 1P193遺伝子位置情報に基づいたゲノム比較 : I細菌ゲノム比較
- 培養温度25度における線虫 Caenorhabditis elegans の発生プロテオーム解析
- セイヨウミツバチ Apis mellifera (蛹20日齢,雄)スフィンゴ糖脂質の構造解析
- 生命と情報通信-情報通信技術に生命機能を吹き込む, 澤井秀文編著, 出版社オーム社, 発行2009年11月, 全ページ275頁, 価格3,675円, ISBN978-4-274-50250-7
- 1P185全ゲノム立体構造予測データベース"GTOP"の拡張
- 3H1400 全ゲノム立体構造予測データベース"GTOP"
- データベース構築と構造バイオインフォマティクス GTOPデータベースから得られる蛋白質の立体構造情報とそれを利用した応用研究 (蛋白質ネットワークの構造生物学) -- (第2部 構造プロテオミクスにおける最新技術)
- 2D-DIGEとiTRAQを用いた線虫 Caenorhabditis briggsae の発生過程における比較定量プロテオーム解析
- 機械学習によるEP2受容体を標的とした化合物の探索手法の開発
- 相互情報量とSVMを用いた酵素反応におけるEC番号の推定手法の開発
- 機械学習によるタンパク質のO型糖鎖修飾部位の予測とその機能の考察 (ニューロコンピューティング)
- トラックターミナルを利用した配送・保管計画の整数計画モデルと数理計画法による逐次的解法
- 1P195コドン組成空間におけるゲノムの共通構造
- 3H1500 好熱菌タンパク質の分子表面におけるアミノ酸組成の特徴
- 大腸菌の中央代謝経路モデルと実数型遺伝的アルゴリズムを用いたパラメータ調節機構の構築
- ゲノム機能解析 (特集 バイオインフォマティクス--基礎と臨床応用) -- (基礎)
- トラックターミナルを利用した配送・保管計画の整数計画モデルと数理計画法による逐次的解法
- 機械学習によるタンパク質のO型糖鎖修飾部位の予測とその機能の考察(知的システム,一般)
- 相互情報量とSVMを用いた酵素反応におけるEC番号の推定法の開発
- 相互情報量とSVMを用いた酵素反応におけるEC番号の推定法の開発
- 線虫Caenorhabditis elegansの発生ステージにおける定量プロテオーム解析
- 昆虫脳における運動司令生成のための神経回路の推定
- データベースを用いた脳・神経細胞データの管理と活用
- カイコガ標準脳データベース構築に向けた脳画像データの標準化と活用
- Phase Synchronization in Phase Oscillators and a Complex-Valued Neural Network and Its Applications to Traffic Flow Control
- 無限関係モデルを用いた大腸菌の表現型マイクロアレイ解析
- 昆虫脳における生理応答データに基づく行動司令生成時の情報伝達経路の推定
- カイコガ触角葉における匂い情報のポピュレーションコーディング
- G-023 C.elegans のマイクロアレイ解析におけるワンサイクル法とエクスプレスキット法の比較(バイオ情報学,G分野:生体情報科学)
- カイコガ標準脳データベース構築に向けた脳画像データの標準化と活用
- 昆虫脳における生理応答データに基づく行動司令生成時の情報伝達経路の推定