相互情報量とSVMを用いた酵素反応におけるEC番号の推定手法の開発
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概要
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EC 番号は酵素反応を分類するための階層的なシステムであり,酵素活性の予測や反応の類似性の指標として用いられる.しかしながら,EC 番号は酵素活性から,手動で割り当てられるため,反応によっては不完全あるいは全く割り当てがなされていないものもある.そこで,本研究では MCS アルゴリズムと相互情報量を用いた EC 番号の推定方法を提案し,さらに機械学習ならびに相関係数で妥当な EC 番号を推定した.本手法はジャック・ナイフ法の結果において最大で感度 (Sensitivity) 83%,精度 (Precision) 84% を示した.また,複数の EC 番号が割り当てられている反応に対しても推定を行い,EC 番号の候補リストの妥当性を確認した.
- 2011-09-06
著者
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遠里 由佳子
立命館大学情報理工学部生命情報学科
-
伊藤 將弘
立命館大学生命科学部
-
松田 祥彦
立命館大学情報理工学部
-
伊藤 將弘
立命館大学
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松田 祥彦
立命館大学生命科学部生命情報学科
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遠里 由佳子
立命館大学生命科学部生命情報学科
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遠里 由佳子
立命館大学大学院理工学研究科・立命館大学生命科学部
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