G-023 C.elegans のマイクロアレイ解析におけるワンサイクル法とエクスプレスキット法の比較(バイオ情報学,G分野:生体情報科学)
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概要
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Affymetrix社のマイクロアレイ実験を行う際に必要な試料調製手法2種類から得られる発現量の実験データを,線虫C.elegansを対象に比較した.これまで使用されていたOne Cycle法と,新しく使われるようになったExpress Kit法で,マイクロアレイデータにおける遺伝子発現量を比較し,手法の違いによってどのように実験結果が異なるのかを分析した. One Cycle法とExpress Kit法の全体的なデータ間の相関係数は0.93と高く,両者の実験データは類似していると判断できる.また,線虫が持つ遺伝子約2万個それぞれの実験間の発現変動についてt検定を行い, One Cycle法とExpressKit法で発現量に差が出る遺伝子を検出した.さらに, One Cycle法とExpress Kit法の発現量検出の傾向についても考察した.
- FIT(電子情報通信学会・情報処理学会)運営委員会の論文
- 2011-09-07
著者
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伊藤 將弘
立命館大学情報理工学部
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真栄城 哲也
筑波大学図書館情報メディア研究科
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伊藤 將弘
立命館大学
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物部 香奈美
立命館大学理工学研究科
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伊藤 將弘
立命館大学理工学研究科
-
岡野 文香
筑波大学図書館情報メディア研究科
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