事前知識を用いた遺伝子発現量の部分空間クラスタリング
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概要
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時期,周期特異的に機能する遺伝子の発現量は,観測条件全体で相関があるのではなく,特定の時期及び周期でのみ高い相関を示すことがある.このような遺伝子群発見のため,Biclustering を始めとする部分空間クラスタリングが研究されている.しかし,既存手法にはオーバーフィットによる生成されたクラスタ信頼性の低さや,多量のクラスタ生成による結果解釈の困難さに問題点がある.そこで,近年のゲノム解析で蓄積されている遺伝子機能を用い,類似の機能を有する遺伝子から部分空間クラスタを生成し,その後,他の遺伝子へクラスタを拡張し,さらに重複を除去する事で,既知の機能に即したクラスタを発見する.遺伝子オントロジーを用いて既存手法と比較したところ,Biclustering に比べ,既知の遺伝子機能に即した遺伝子,条件群を発見できた.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2009-09-10
著者
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