ワークステーションクラスタを用いたホモロジー解析
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概要
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ホモロジー解析とはデータ配列間の類似性の判断を行なうもので,これまで主に,生物学の分野でアミノ酸の塩基配列の類似性の判定を行なうのに用いられてきた.このホモロジー解析を定量的に行なうダイナミック・プログラミング法(Dynamic Programming method: DP)において,必要となる主記憶容量と計算時間は配列の長さNの2乗に比例するため,計算できる配列の大きさの限界は主記憶によって決まる.本研究ではその計算可能次数の拡大及び計算時間の縮小を図るため,この方法の並列化を行なった.Toshiba AS4040 (SUN4ipc)30台によるワークステーションクラスタを用いた実験では,データ列の計算可能次数上限を大幅に拡大することが可能となった.さらに,一台による実行時間から期待される台数倍の性能が並列化により得られた.
- 1994-07-22
著者
-
関口 智嗣
電子技術総合研究所
-
佐藤 三久
電子技術総合研究所
-
日向寺 祥子
東海大学電子計算センター
-
細矢 治夫
お茶の水女子大学
-
長嶋 雲兵
お茶の水女子大学大学院人間文化研究科
-
坂田 聡子
お茶の水女子大学大学院理学研究科
-
日向寺 祥子
お茶の水女子大学理学部化学科情報科学科
-
坂田 聡子
お茶の水女子大学理学部情報科学科:東京電力株式会社
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