MMX命令を利用したビット並列化塩素配列照合アルゴリズム
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概要
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ゲノム配列歩行は,生物研究におけるゲノムを使った解析手法のひとつである.ゲノム配列歩行で必要となるDNA配列の近似的な照合に,文字列照合アルゴリズムであるWuらのアルゴリズムを利用することが提案されている.われわれは新規に,DNA配列照合において記号の数が少ないことを利用したアルゴリズムを提案する.提案アルゴリズムは,64ビットレジスタを利用できることや適した論理演算命令があることにより,MMX命令を利用して効率的に実装できる.プログラムに実装し,従来のアルゴリズムを用いた同等の照合能力を持つプログラムとで実行に要する時間を測定し性能比較をおこなった.比較の結果,約20%の高速化を確認した.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2003-03-11
著者
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