ホモロジー解析プログラムを用いたワークステーションクラスタ,TMC CM-5, Intel Paragonの性能評価
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概要
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ホモロジー解析とはデータ配列間の類似性の判断を行うもので,これまで主に,生物学の分野でアミノ酸の塩基配列の類似性の判定を行うのに用いられてきた.ホモロジー解析のための計算時間と主記憶容量は,アミノ酸の塩基の数Nの2乗に比例して増加するので,このホモロジー解析を定量的に行うダイナミック・プログラミング法(Dynamic Programming method: DP)をタイリングによるウェーブフロント法を用いて並列化し,その高速化を行った.さらに本プログラムをワークステーションクラスタToshiba AS4040 (SUN4 ipc,28台)とTMC CM-5およびIntel Paragonを用いて実行し,それらの上での性能を実測した. これらの並列システムの評価を行うにあたり, このプログラムにおける各マシンの特徴を把握するためDPの並列化プログラムの実行時間予測モデルを作った.性能予測モデルから予測される実行時間は実測と非常によく一致し,計算の粒度制御パラメータの変化に対し実測とほぼ同様の振舞いをみせた.ワークステーションクラスタ,CM5,Paragonの各マシンにおける見積もりと実測の相対誤差はそれぞれ,0.1%,5%,2%となった.また,それぞれの計算機で,1台から20台までほぼ線形の性能向上がみられた. Paragon, CM5,ワークステーションクラスタの性能比は問題のサイズやプロセッサ数によらず,ほぼ1:0.38(1/2.6):0.22(1/4.6)になった.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1996-07-15
著者
-
関口 智嗣
電子技術総合研究所
-
佐藤 三久
電子技術総合研究所
-
細矢 治夫
お茶の水女子大学
-
長嶋 雲兵
お茶の水女子大学大学院人間文化研究科
-
坂田 聡子
お茶の水女子大学大学院理学研究科
-
坂田 聡子
お茶の水女子大学理学部情報科学科:東京電力株式会社
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